מערת יורם (לכבוד מגלה המערה פרופ' יורם צפריר) היא חלק ממכלול בן שלוש מערות המצויות בחלקו התחתון של המצוק הדרום מזרחי של מצדה. המערה תוארה לראשונה בסקר מערות מצדה על-ידי יורם צפריר, במסגרת חפירות ידין, ונמצאו בה מספר חרסים כלקוליתיים. במהלך סקר מערות מדבר יהודה בשנת 2007 נסקרה המערה באופן מפורט על-ידי אורי דוידוביץ' ורועי פורת מהמכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה העברית. בחודש מרץ 2009 התבצעה במערה חפירה קצרה על-ידי הנ"ל יחד עם נמרוד מרום מהמעבדה לארכיאוזואולוגיה בחוג לארכיאולוגיה, אוניברסיטת חיפה.
למערה פתח אחד המוביל לשני חללים, שלאורכו נבנה בימי קדם קיר מאבני שדה. החלל הצפוני הינו חדרון 7 שטחו וכ 1.5- גובהו). החלל הדרומי מורכב ממרחב כניסה, מסדרון קצר וחדרון פנימי קטן (אורכו X4- מוארך (כ 2.5 מ'; וגובהו קודם לחפירה היה 70-50 ס"מ). חלל X2- המקסימלי של החלל כ 6.5- מ'; שטח מרחב הכניסה כזה, בו התנהלה מרבית החפירה, הכיל שני רכיבים סטרטיגראפיים: קן עתיק של דורס יום גדול שהותיר שכבה של לשלשות וחומרי קינון, בהם עצמות רבות, בדים וענפים; ושכבה כלקוליתית עליה הושתת הקן, ובה מחצלת קנים וחבלים פרוסה על-גבי רצפת עפר מהודקת ומתקן משוקע ברצפה. שרידים אורגניים רבים נתגלו על רצפה זו בנוסף על המחצלת, בהם חבלים, ניב מעובד של חזיר בר, חומר צמחי וקרמיקה פשוטה. בחפירה ננקטו שיטות דגימה קפדניות, שכללו סינון של כל הסדימנט ומיון החומר בשדה, במטרה לברר את משך היישוב במערה ואופיו, וכן על-מנת לאסוף גוף נתונים הרלוונטי לשחזור פרטני של סביבת המערה.
המחקר נתמך ע"י קרן CARE והסתייע בצוות הגן הלאומי מצדה ומנהלו, איתן קמפבל.