החצר הפנימית, המרכזית, היא גולת הכותרת של מבנה המוזיאון. חצר זו מצויה במרכז ציר האורך של הבניין. החצר משתרעת על שלושה מפלסים מדורגים; במרכזו של המפלס הנמוך ביותר ישנה בריכת נוי מלבנית הניזונה ממי בורות האגירה המצויים בשני קצותיה. על-פני המים צפות חבצלות מים מוריקות ובתוכם שטים דגי זהב. החצר נתחמת בשלושה סטווים מקורים בקמרונות צולבים, שבחזיתם שורה של קשתות. במרווחים שבין אומנות הקשתות שבחזית מוצבים מוצגים גדולים, כגון סרקופגים. בקצה הבריכה מצוי חדרון קטן – כמעין היכלית או מח'ראב, שקירותיו מחופים באריחים של קרמיקה ארמנית מרהיבה, הנושאת עיטורים נטוראליסטיים. את האריחים עיצב אומן הקרמיקה הארמנית הנודע דוד אוהנסיאן. ברצפה של חדרון זה הותקנה מזרקה, שמימיה מילאו בריכה מתומנת קטנה. מי המזרקה זרמו בתעלה אל הבריכה שבחצר (המזרקה פורקה בימי השלטון הירדני). ההשראה לחצר המרכזית באה מארמון אלהמברה שבגרנדה, בן המאה הי"ד, אשר נחשב לאחד מפלאי האדריכלות המוסלמית של ימי הביניים בספרד ובכלל.