ארץ ישראל היא ארץ הקודש ויש בה אתרים המקודשים ליהדות, לנצרות ולאסלם, כמו גם לדרוזים, לבהאיים ועוד. יש בניהם אתרים המוקדשים לאישים נערצים שונים שפעלו בארץ ובהם: אברהם אבינו, דוד המלך, שמואל הנביא, ישוע הנוצרי, יוחנן המטביל ואבות הכנסייה הנוצרית ומוחמד נביא האסלאם. חלק מאתרי הקודש במדינת ישראל הם אתרי עתיקות ובהם הכותל המערבי, הר הבית, כנסיית הקבר ועוד. אתרים אלה מוגדרים בחוק כמקומות קדושים, והפעילות הארכיאולוגית בהם אינה בסמכותו הבלעדית של מנהל רשות העתיקות. רשות העתיקות מופקדת בתוקף סמכותה על מניעת פגיעה באתרים אלה. כל שינוי שייעשה באתרים אלה, ובכלל זה: חפירה ארכיאולוגית, בנייה ושימור קירות עתיקים וכדומה, טעון אישור של ועדת שרים לענייני המקומות הקדושים, שחברים בה שר המשפטים, שר החינוך ושר הדתות.