מחקרים שביצעו חוקרים באמצעות צילומי אוויר ותצפיות שבצענו לאורך החוף ועל קרקעית הים, מלמדים כי בעקבות בניית המרינה בהרצליה חלה נסיגה משמעותית בקו החוף והחל תהליך מואץ של הרס המצוק החופי. על קרקעית הים נחשפו אזורים נרחבים שלא נחשפו בעבר, נתגלו שרידי כלי שייט ומטענים - לרבות מטען אבני ריחיים מבזלת, תותח ברזל וממצאים רבים אחרים - ונגרם הרס מסיבי לשרידי עיר החוף אפולוניה.