ב-18 במאי 1291 נכבשה עכו הצלבנית על ידי הסולטן הממלוכי אשרף-אל-חליל לאחר מצור ממושך. ממקורות היסטוריים מוסלמיים עולה כי בפקודתו נהרסה העיר בשיטתיות, בעיקר הביצורים והכנסיות, אך גם השווקים ובתי המגורים שנבזזו טרם הועלו באש. הנמל נסתם בגושי בנייה על מנת למנוע את השימוש העתידי בו. על פי מקורות לטיניים, תושביה הפרנקים נהרגו, נשבו, ורק מעטים הצליחו לברוח בדרך הים לקפריסין. וכך, בן לילה הפכה עכו מעיר בירה ומסחר שוקקת הבנויה לתלפיות, לחורבה ושממה. כל השטחים שהיו בשליטת עכו הצלבנית עברו לידי הממלוכים והמרכז המנהלי עבר לצפת. בתעודה משנת 1304 עדיין נקרא מושל המחוז שישב בצפת "אמיר צפת ועכו", אך בהמשך נקרא המחוז "מחוז צפת" בלבד.
המידע אודות עכו לאורך התקופה הממלוכית הוא מגוון, והוא עולה ממספר סוגי מקורות ובהם מקורות ממלוכים הקשורים באדמיניסטרציה שלטונית והקדשים, ומקורות לטיניים בהם תיאורי עולי רגל ומכתבי סוחרים וונציאניים שישבו בעיר. מידע נוסף אודות מראה העיר בפרק זמן זה ניתן לדלות מקורות מאוירים המתוארכים לסוף המאה ה-17 וראשית ה-18, טרם בניית העיר העות'מאנית.
כנגד זה, הממצא הארכיאולוגי מהתקופה הממלוכית בעכו דל ביותר, והחיפוש אחריו דומה לחיפוש מחט בערימת שחת, שכן ממצא זה אמור להיות כלוא בין שרידי המבנים המפוארים מן התקופה הצלבנית, לבין הבניה המאסיבית המחודשת של העיר העות'מאנית. בהרצאה זו אציג את התמונה העולה מן הממצא הארכיאולוגי מחפירות רשות העתיקות בעכו ובצפון הארץ לשם השוואתו למידע מהמקורות הכתובים.
מסתבר שיש התאמה בין המקורות הכתובים והממצא הארכיאולוגי: הרס וכמעט נטישה מחד, ועדות לפעילותם המתמשכת של סוחרים, מאידך. רק המחקר הארכיאולוגי יכול לתת את המושגים הכמותיים על הכיוונים הכלליים שנובעים מהתיעוד הכתוב.