עונת החפירות השנייה במתחם C בבאר שבע נערכה בקיץ תשס"ה במסגרת החפירה הלימודית של המגמה לארכיאולוגיה באוניברסיטת בן-גוריון בנגב. החפירה, בשיתוף רשות העתיקות, נוהלה על ידי פטר פביאן ויצחק גלעד. האתר של מתחם C, בלב באר שבע בסמוך לשוק העירוני, נפגע מפעילות מודרנית אינטנסיבית. מרבית שטח המתחם כוסה באספלט ומשמש היום כחניון.
 
חפירות קיץ תשס"ה בשטח B מבססות את התצפית משלהי העונה הקודמת שבמקום עמד מבנה גדול בעל אופי ציבורי במהלך תקופת הברזל II (מאות שמינית-שביעית לפנה"ס). הממצא  מתקופה זו בשטחים A ו-B נתגלה לרוב בתוך משקעים המאפיינים בניית לבנים. חשוב לציין כי חומר זה התגלה בכל חדר בו נמצאו ממצאים מתקופת הברזל. התברר גם ששכבות תקופת הברזל המתחילות להופיע בעומק של כמה עשרות סנטימטרים מתחת לפני הקרקע, בבסיס שרידי התקופה הרומית המאוחרת, יורדות עד לעומק של כ-2.5 מ' וניכרים בבירור שלבי ישוב שונים. בשטחים A ו-B עדיין לא הגענו לבסיס שכבת תקופת הברזל. בשטח A נמצאו גם שרידים של היפוקאוסט, אולי מהתקופה הרומית המאוחרת.
 
בעונה זו נחשף לראשונה בשטח C חלק מבנה מתקופת הברזל II. נראה כי הקירות מהתקופות הביזנטית והרומית המאוחרת שנחפרו בעונה הקודמת נבנו ישירות מעל לשכבות תקופת הברזל II והתקופה הכלקוליתית. לא נמצא קשר ארכיטקטוני בין המבנה מתקופת הברזל שנתגלה  בשטח C, בדרום-מערב השטח, לבין הבנייה מתקופה זו שנמצאה בשטחים A ו-B ממזרח. מתחת למכלול הרומי-ביזנטי ובסמוך לשכבות מתקופת הברזל נמצא מפלס המלא בפריטי צור מהתקופה הכלקוליתית המעידים שבמקום פעלו סתתי צור. השכבה הכלקוליתית שחפירתה בחלק זה של האתר החלה בעונה הקודמת היא שכבה דקה יחסית ומתחת לה נמצא סלע האם, שכבה אדמדמה, קשה ובה תרכיזים גיריים.