תוכנית להכפלה קו מסילת רכבת נען-באר-שבע הובילו לביצוע חפירה ארכיאולוגית במהלך חודשים מרץ אפריל 2005 מטעם רשות העתיקות ובמימון רכבת ישראל.
 
בחפירות השתתפו עובדים מבאר-שבע, מודד אברהם האג'יאן, צילום נחשון סנה, רפאות רוני גת.
 
האתר שוכן על גדתו הצפונית מערבית של נחל באר שבע וממזרח למפעל מכתשים. שטחו כ- 20 דונם, על פני השטח שברי חרסים מסוף ימי ממלכת יהודה ( 700 -586 לפסה"נ) מהתקופה ההלניסטית המאוחרת (מאה השנייה לפסה"נ) והתקופה הביזנטית. לתקופה הביזנטית ניתן לשייך שרידי קירות הנראים על פני השטח בחלקו המזרחי של האתר. אפשר ואלו שרידי מבנה חווה. מדרומם פתח מערה. על גדת נחל באר-שבע בחלקו הדרומי מזרחי של האתר, מבנה משלהי התקופה העות'מאנית או מימי המנדט הבריטי. באתר נערכו חפירות ארכיאולוגיות בסוף שנת 1998 וראשית שנת 1999 טרם הנחת קו מסילת הרכבת לתחנת באר-שבע המרכזית בהנהלת יעקב באומגרטן.
 
במהלך החפירות נפתחו 10 ריבועי חפירה בחמישה שטחים A-E)), בשטח כולל של 245 מ"ר ולאורך ציר של כ-100 מטר. במהלכם נחשפו שרידי חמישה מכלולים מן התקופה ההלניסטית שנחפרו כמערות מגורים במעבה אדמת הלס וקונגלומרט הנחלים שרובד מתחתיה. לימים, שעה שקרסה תקרת חלקם, הוכשרו הבורות להמשך החיים במקום.
 
שטח A - הנמצא בצפון הציר, נפתחו שני ריבועי חפירה בשטח של 50 מ"ר. במקום נחשפו שרידי מכלול מגורים תת-קרקעי ובו שני חדרים תת-קרקעיים.
 
שטח B  - נחפר ריבוע של כ-20 מ"ר ובו נחשף שריד חדר מגורים תת-קרקעי בודד.
 
בשטח C - נפתחו שני ריבועי חפירה בשטח של 50 מ"ר בהם נחשף מכלול ובו גרם מדרגות תלול הבנוי אבני נחל גדולות, אפשר ונבנה כאשר תקרת המכלול נהרסה.
 
בשטח  D- נפתחו ארבעה ריבועי חפירה בשטח של 100 מ"ר. באחד הריבועים נחשפו שרידי שני בורות, סמוך לפני הקרקע הנוכחית, מסוף תקופת הברזל. הבורות נחפרו באדמת הלס מעל חדר מגורים תת-קרקעי מן התקופה ההלניסטית. חדר מגורים זה היה חלק ממערכת מגורים תת-קרקעית מורכבת שממנה נחשפו שלושה חדרים ומסדרון.
 
בשטח E - הדרומי בציר החפירות נפתח ריבוע בודד בשטח של 25 מ"ר ובו נחשף חלק ממכלול תת-קרקעי.
 
בחפירות נמצאו כלי חרס, משקולות נול מטין, שברי מטחנות קמח מבזלת, מקבות מאבני צור, שברי קערות אבן ועצמות בעלי חיים.