שער הפרחים בעיר העתיקה נחנך בתאריך 30/6/2010 בטקס חגיגי בהשתתפות ראש העיר ירושלים ניר ברקת, המוכתר הצועני בעיר העתיקה עבד-אלחכים מחמד דיב סלים, מנכ"ל הרשות לפיתוח ירושלים מוטי חזן ומנהל רשות העתיקות שוקה דורפמן.
 
כחלק מפרויקט 'שימור ושיקום חומות ירושלים' במימון משרד ראש הממשלה, בניהול הרשות לפיתוח ירושלים ובביצוע מינהל השימור ברשות העתיקות טופלו במהלך שנת 2009 שער הפרחים והקטעים הסמוכים לו. עבודות שיקום השער ארכו ארבעה חודשים, ובוצעו בשיתוף פעולה עם התושבים והסוחרים, כדי שלא ליצור הפרעה לפעילות העירונית הסואנת שבמקום.
 
פעולות השימור והשיקום בשער לוו בהכנות מדוקדקות, שכללו סקר ותיעוד שימורי והסטורי מוקפד של השער. במהלך עבודות השימור במקום התמודד מינהל השימור ברשות העתיקות עם אתגר מורכב של עבודה בסביבה עירונית ומסחרית שוקקת. חזיתות השער וחללו הפנימי זכו לטיפול מקיף שכלל ניקוי יסודי, טיפול באבנים ובעיטורים שעברו תהליך בלייה והסרת סכנות שנבעו מהשתרשות צמחייה, ונדליזם, וחדירת רטיבות לחומה. בין השאר, הוסרו והוסדרו כל תשתיות החשמל והמים ש'עיטרו' את חזיתות השער. 
 
חומות העיר העתיקה נבנו במאה ה-16 על ידי הסולטן סולימאן המפואר. במסגרת, זו נחנך לראשונה שער הפרחים בשנת 1539. השער נבנה במקור כפשפש, שאפשר כניסה לבני אדם ולבהמה לא רתומה בלבד. בסוף המאה ה-19 נפרץ בשער פתח בחזית הצפונית, אשר אפשר מעבר ישיר אל תוך העיר. שרידי תא הלוחם שהגן על פתח הכניסה המקורי נראים עד היום בחזית השער המזרחית.