במשך שלוש עונות החפירה האחרונות (עונות 12–14) שהתקיימו באפולוניה-ארסוף בשנים 1998, 1999 ו-2000 נתגלו ביצורי העיר הצלבנית בגבולה הדרומי-מזרחי והמרכיבים העיקריים של המבצר הצלבני שהוקם בצפונה.
מביצורי העיר (שטח I) נתגלו המתאר של מגדל הפינה הדרומי-מזרחי, קטע מחומת העיר המונומנטלית שנמשכה מן המגדל לכיוון מערב וחפיר ברוחב של 9.5 מ' הנתחם בקיר תמך בנוי. החומה וקיר התמך נשתמרו לגובה 3.5 מ' ויותר והם בנויים מאבני גזית מכורכר, מלוכדות בטיט שהוחלק היטב בקווי החיבור שבין האבנים. המכלול כולו משקף הרחבה משמעותית של ביצורי העיר הצלבנית לכיוון מזרח והדבר נעשה, ככל הנראה, על-ידי ההוספיטלרים לקראת התקפה אפשרית של הממלוכים. המקורות הכתובים מעידים על-כך שעצם ההרחבה הזו נתפסה בעיני השולטן הממלוכי בייברס כהפרת הסכם, וכעילה למצור שהטיל על העיר בשנת 1265, אשר הסתיים בכיבושה וחורבנה.

מהמבצר הצלבני (שטח F) נתגלו החלקים הבאים, המוצגים מן החוץ פנימה. חפיר היקפי שרוחבו המרבי מגיע ל-30 מ' ועומקו 14 מ' מראש קיר התמך החיצוני שלו. בחלקו הדרומי-מזרחי של החפיר נתגלו היסודות של שתי אומנות שתמכו בגשר עץ, אשר חיבר בין העיר למבצר. מערכת חומות תמך חיצוניות בה שולבו שלשה מגדלים גדולים עגולים למחצה ושער חיצוני שטרם נחפר. מערכת חומות עיקרית שכללה שער פנימי מוגן על ידי זוג מגדלים חצי-עגולים במזרח, מגדל חצי-עגול נוסף בכל אחד מצדיו המוגן אף הוא על-ידי מגדל חצי-עגול חיצוני לרגליו, ומגדל עוז מתומן במערב הכולל קמרון מדורג כקומה תחתונה. מערך חומות פנימי התוחם מצד אחד אולמות סגורים, ומצד שני את החצר הפנימית של המבצר.