במהלך מלחמת העצמאות, כשירושלים היתה נתונה במצור, נתמנו הארכיאולוגים דר' עמנואל בן דור ודר' בנימין מייזלר (מזר) לשמש כקצינים לארכיאולוגיה ליד מפקדת מחוז ירושלים. עם הכרזת ההפוגה הראשונה הצטרף אליהם קצין שלישי, דר' שמואל ייבין, וביום 26 ביולי 1948 הוקמה מחלקת העתיקות הישראלית. פעילותה של המחלקה התבססה על פקודת העתיקות המנדטורית. בשנת 1978 אושר בכנסת חוק העתיקות שהחליף את הפקודה המנדטורית. בראשיתה היתה זו מחלקה קטנה, שפעלה במסגרת המינהל לעבודות ציבוריות ושירותים טכניים (היום מ.ע.צ) של משרד העבודה והבנייה. בחודש אוגוסט 1955 הועברה המחלקה למשרד החינוך והתרבות בתור אגף (אגף העתיקות והמוזיאונים; IDAM). מאז הקמת אגף העתיקות בניהולו של פרופ' שמואל ייבין ועד להקמת רשות העתיקות עמדו בראש אגף העתיקות המנהלים הבאים: פרופ' אברהם בירן (1961 – 1974), דר' אברהם איתן (1974 – 1988) ואמיר דרורי (1988 – 1989). באחד בספטמבר 1989 אושר חוק רשות העתיקות, המגדיר את תחומי פעולתה ואחריותה של רשות העתיקות, ובאחד באפריל 1990 נוסדה רשמית רשות העתיקות, הכפופה למשרד החינוך. תהליך הקמתה של רשות העתיקות זכה לברכתו ולתמיכתו של שר החינוך דאז ונשיאה החמישי של מדינת ישראל יצחק נבון. מאז כיהנו ברשות העתיקות שני מנהלים: אמיר דרורי ושוקה דורפמן.
בתחילה מוקמו משרדי המחלקה במתחם מחלקת העבודות הציבוריות שברחוב הנביאים בירושלים; לאחר מכן הם הועברו לרחוב המלך שלמה בירושלים. מאז מלחמת ששת הימים ועד היום שוכנים משרדי רשות העתיקות במוזיאון רוקפלר. הבניין שברחוב שלמה המלך שימש גם כבית הנכות הארכיאולוגי של מדינת ישראל עד להקמתו של מוזיאון ישראל בירושלים.
בראשית הדרך פעלו במחלקת העתיקות שש יחידות, שהיו אחראיות על פיקוח, שימור, חפירות וסקר, מוזיאונים, ארכיון וספריה, מחקר ופרסומים. בראש מחלקת העתיקות עמד הארכיאולוג הוותיק דר' שמואל ייבין. צוות המחלקה מנה אחד-עשר עובדים בלבד, ביניהם דר' עמנואל בן-דור ששימש כסגן המנהל; הארכיאולוג הבריטי פ' ל' א' גיא (P.L.O. Guy), שבעברו עמד בראש החפירות בתל מגידו, היה מנהל הסקר; האדריכל והחוקר יעקב פינקרפלד היה אחראי על מחלקת שימור המונומנטים ושימש גם כמפקח הראשי; מיכאל אבי-יונה שימש כמזכיר המדעי וכמפקח עתיקות במחוז ירושלים; פנואל כהנא שימש כמפקח על פעולות המוזיאונים האזוריים; יעקב עורי שימש כמפקח עתיקות במחוז הדרום; רות עמירן היתה מפקחת עתיקות במחוז הצפון וד"ר מילכה קסוטו שימשה כפקידה האחראית של הספרייה.
במרוצת השנים, עם המעבר לאגף העתיקות, נוספו יחידות התמיכה הטכנית: צילום, ציור ורפאות וכן הצטרפו אנשי מעבדה ומומחים לאנתרופולוגיה פיזית. לאחר מלחמת ששת הימים נוסדו יחידות קצין המטה לארכיאולוגיה ביהודה שומרון ועזה, בסיני ובגולן, ובשנת 1985 נוסדה היחידה לפיקוח על שוד עתיקות, אשר כללה גם את היחידה לפיקוח תת-ימי.
בתקופת המנדט (1917 – 1948) רוכז כל החומר התיעודי הקשור בארכיאולוגיה של ארץ ישראל, כולל האוספים, תיקי התיעוד, המפות והתכניות, במשרדי מחלקת העתיקות של ממשלת המנדט במוזיאון רוקפלר בירושלים. עם סיום המנדט הבריטי נותרו הארכיונים הללו ברשותה של ממשלת ירדן, ולכן נאלצו הרשויות הישראליות להתחיל את דרכם מחדש. לאחר מלחמת ששת הימים כשעבר מוזיאון רוקפלר לשליטת מדינת ישראל, עברו גם הארכיונים שבו לאחריות אגף העתיקות של מדינת ישראל.
ראשיתה של הספרייה עוד בימי המנדט הבריטי.
תולדות הספרייה
חלק חשוב מעבודת אגף העתיקות הוקדש להכרזתם של אתרי עתיקות. בשנת 1964 ערך פנחס פנואל כהנא את רשימת המצבות ההיסטוריות שפורסמה בילקוט הפרסומים, אשר החליף את תיק ההכרזות שנערך בתקופת המנדט הבריטי. בילקוט הפרסומים מפורסמים כיום כ-17,500 אתרים מוכרזים מתוך כ-23,500 אתרים ידועים. רשימת אתרי העתיקות בילקוט הפירסומים מסודרת לפי מפות בקנה מידה של 1:20,000 המסודרות מצפון לדרום וממערב למזרח, ובכל מפה מופיעים האתרים בשמם העברי, בערבית ובתעתיק לועזי, בנוסף לנקודת הציון הגיאוגרפית ולתיאור קצר.
בתקופת פעילותו של אגף העתיקות נערכו מספר חפירות חשובות, למשל בתל דן, בתל אשדוד, בעין גדי, בחמת גדר, בבית שאן ובבית גוברין. אגף העתיקות היה מעורב במאות חפירות הצלה, לעתים בשיתוף עם המכון לארכיאולוגיה של האוניברסיטה העברית, ירושלים, או עם החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה. החפירה הארכיאולוגית הראשונה בתולדות מדינת ישראל נערכה בתל קסילה (אל-ח'רבה), שעל גדות נחל הירקון, בניהולו של בנימין מייזלר (מזר) ומטעם החברה העברית לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה. הרישיון לחפירה ניתן בחודש אוקטובר 1948 והוא נחתם על ידי שר העבודה והבינוי דאז מרדכי בנטוב. בשנת 1963 החלו באגף העתיקות לנפק הרשאות לחפירות קטנות ולעובדי אגף העתיקות עצמו. ההרשאה הראשונה ניתנה ב-23 בנובמבר 1963 לדר' יוחנן אהרוני, על-ידי מנהל אגף העתיקות דאז הפרופ' אברהם בירן, כהיתר לחפירה במערת קברים בח'רבת שיח' אברהים (חורבת דורן), שליד בר גיורא. מאז ועד לימנו הוצאו 8987 רישיונות והרשאות (9/12/03).
בתקופת קיומו של אגף העתיקות נערכו מספר סקרים חשובים ובהם סקר החירום ביהודה, שומרון והגולן בניהולו של פרופ' משה כוכבי (מטעם האגודה לסקר ישראל), וסקר החירום בנגב בניהולו של דר' רודולף כהן (1978 – 1988). האגודה לסקר הוקמה ביולי 1964, כשמטרתה לבצע סקר ארכיאולוגי מקיף של מדינת ישראל. דר' זאב ייבין שימש מזכיר האגודה הראשון. עד כה פורסמו 38 מפות סקר ועוד 55 מפות נמצאות בשלבי עריכה והכנה לפרסום.
העיתון הראשון שהוצא על ידי מחלקת העתיקות היה העלון, שנדפס כפרסום פנימי בפברואר 1949. מאוחר יותר הוצאו לאור כתב-העת עתיקות – סדרה אנגלית וסדרה עברית - וכתב-העת חדשות ארכיאולוגיות שהחליף את העלון. במרוצת השנים אוחדו שתי הסדרות של עתיקות לסדרה אחת דו-לשונית, ולחדשות ארכיאולוגיות נוספה מהדורה אנגלית בשם ESI) Excavations and Surveys in Israel); משנת 1999 אוחדו המדורות העברית והאנגלית של חדשות ארכיאולוגיות לכתב-עת דו-לשוני בשם חדשות ארכיאולוגיות – חפירות וסקרים בישראל. היום מפרסמת רשות העתיקות גם כתב-עת של הסקר הארכיאולוגי של ישראל, סדרה של מונוגרפיות (IAA Reports) ומדריכי טיולים לאתרים ארכיאולוגיים בישראל.
תפקיד חשוב הוטל על שוחרי העתיקות (נאמני עתיקות). אלה עזרו בתיעוד אתרים, בחפירות, בסקרים, בניטור ובהפצת התודעה הארכיאולוגית בציבור. שוחרי העתיקות תפקדו במסגרת 'מפקדת חטיבת נוטרי-העתיקות', ובראשם עמד שמעון נחמני. עם השנים הלכה ותפחה פעילותם של נאמני העתיקות ובזמן הקמת רשות העתיקות היו רשומים כ-300 נאמנים. בימים אלה חודש תהליך גיוסם של נאמני העתיקות וארגונם במסגרת רשות העתיקות.