כל אתרי העתיקות מוגנים על פי חוק ! בארץ מוכרזים כיום קרוב ל- 20,000 אתרי עתיקות מסוגים, תקופות וגדלים שונים. כל אתרי העתיקות הללו הם אתרים שההחלטה על הנעשה בהם נתונה בידי מנהל רשות העתיקות.

לגבי אתרים אחרים, קורה לא מעט שפעולת פיתוח מודרנית (שכונה חדשה, כביש, מסילת ברזל וכיו"ב) מתוכננת לפגוע בהם ואף, לעיתים להרוס אותם כליל. במקרים אלה, מתבצעת חפירת הצלה במקומות שבהם מתוכננת הפגיעה המודרנית באתר הקדום, כדי להקטין את ממדי הפגיעה של פעולת הפיתוח. במקרים שבהם ישנה התחבטות קשה בין צרכי הפיתוח לבין החשיבות המדעית, ההיסטורית והתיירותית של האתר, מוקמת ועדה מקצועית - "ועדת שימור", המורכבת מארכיאולוגים, אדריכלים ומתכננים. ועדה זו היא ועדת משנה של המועצה לארכיאולוגיה של מדינת ישראל, ותפקידה לייעץ למנהל רשות העתיקות לגבי כל אתר ואתר. מנהל רשות העתיקות רשאי לקבל את ההמלצה או לדחותה, והוא שקובע בסופו של דבר את גורלו של האתר; אם לשמרו במקומו ולשנות את פעולת הפיתוח או לדרוש את כיסוי האתר ולהתיר את פעולת הפיתוח, או להתיר את הריסת האתר הארכיאולוגי לאחר תיעודו המושלם, ולאפשר את הקמת הפרוייקט המודרני ללא שינויים.