בשנים 1993 - 1994, נערך סקר ארכיאולוגי מטעם רשות העתיקות לאורך תוואי כביש חוצה ישראל (כביש מס. 6). הסקר נערך על-ידי 2 חוליות סקר. בראש החוליה הצפונית  עמד מוטי היימן ובראש החוליה הדרומית עמד יהודה דגן (חדשות ארכיאולוגיות קג: 106 - 107). הסקר נעשה בקטע שאורכו 86 ק"מ וברוחב 100 מטר ובמהלכו תועדו 151 אתרים.  לראשונה נסקר הקטע שבין צומת עירון בצפון למושב יד בנימין בדרום. מאוחר יותר המשכנו לסקור – צפונה - עד לאזור אליקים (בידי מוטי היימן ואחרים), ולאחרונה נמשך הסקר עד לצומת סומך (בידי אלי ינאי, סיגל גולן ומורד טבט). חוליית סקר זו תיעדה עוד כ: 30 אתרים חדשים. חוליה נוספת בראשות אלון שביט סקרה (בשנת 1995) את החלק הדרומי של התוואי, בין מושב יד בנימין ועד צומת בית קמה.

 במקביל לעבודת הסקר נערכו חפירות הצלה ארכיאולוגיות על התוואי המיועד. עבודות החפירה החלו בסוף שנת 1994 והן נמשכות עד ימים אלו.

רשות העתיקות הוציאה 110 רישיונות לחפירה (ל 62 ארכיאולוגיים), במסגרתם נחפרו 103 אתרים קדומים (בחלק מהאתרים חזרו לחפור מספר פעמים).

החפירות התחלקו בין מספר מוסדות  מחקר:

רשות העתיקות: 82 אתרים   =  79.6%

אוניברסיטת תל-אביב: 10 אתרים = 9.7%

אוניברסיטת בן- גוריון: 8 אתרים = 7.8%

אוניברסיטת חיפה: 3 אתרים  = 2.9%

במהלך החפירות נחשפו 22 יישובים (תלים?) מרובי שכבות.

עיון במפת החפירות מצביע על הצפיפות היישובית למרגלות רכס הרי השומרון. ככל  שתוואי הכביש מתרחק מהמדרונות ונמשך באזורים של קרקע אלוביאלית מתמעטים השרידים הקדומים.