במהלך החפירות התעוררה תעלומה: מה עשו בתחתית הבאר שני שלדי אדם בני כ- 8,500 שנה? החפירה נוהלה ע"י רשות העתיקות, לפני הרחבת צומת היוגב ע"י החברה לאומית לדרכים. הבאר תשומר ותוצג לציבור בחפירות שערכה לאחרונה רשות העתיקות ב'עינות ניסנית' שבשוליים המערביים של עמק יזרעאל לקראת הרחבת צומת היוגב (כביש 66) ע"י החברה הלאומית לדרכים, נחשפה באר נדירה מן התקופה הניאוליתית. הארכיאולוגים מעריכים כי הבאר נבנתה לפני כ-8,500 שנה. במהלך החפירות נחשפו בעומק הבאר שרידי עצמות של אישה כבת 19, ושל גבר, שהיה מבוגר יותר. כיצד הגיעו אלה לתוך הבאר? האם היתה זו תאונה - או אולי רצח? נכון לעכשיו, התשובה לשאלה היא בגדר תעלומה. לדברי יותם טפר, מנהל החפירה מטעם רשות העתיקות, "מה שברור הוא, שלאחר נפילת האלמונים לתוך הבאר, היא יצאה מכלל שימוש וזאת, מהסיבה הפשוטה שמי הבאר זוהמו ולא ניתן היה יותר לשתות מהם". טפר מוסיף, כי "הבאר המרשימה שנחשפה, הייתה קשורה ליישוב חקלאי קדום ונראה ששימשה את התושבים לצרכי קיום ופרנסה. הבאר נבנתה מאבנים בחלקה העליון, ונחצבה בסלע בחלקה התחתון. בראשה הוצבו שתי "אבני פי באר" המצרות את פתחה, עומקה כ-8 מ', וקוטרה בחלקה העליון כ-1.3 מ'". לדברי טפר, "בתוך הבאר נמצאו ממצאים רבים המעידים על זהותם של חוצביה – החקלאים הראשונים בעמק יזרעאל. הממצאים כוללים, בין היתר, להבי צור בעלי שינון עמוק אשר שימשו לקציר וכן גם ראשי חץ וכלי אבן. בחפירת ההצטברויות מפיר הבאר נאספו גם עצמות בעלי חיים, ממצאים אורגניים ופחם - אשר יאפשרו בעתיד מחקרים על ביות הצמחים ובעלי החיים, וכן את תיארוך גילה המדויק של הבאר בעזרת שיטות מתקדמות של תיארוך מוחלט". "הבאר שנחשפה בעמק יזרעאל מלמדת על יכולת חציבה מרשימה של תושביו הקדומים של האתר, ועל ידע נרחב בתחומים הידרולוגים וגיאולוגים של סביבתם, שאפשרו את חציבתה בסלע הגיר עד למפלס מי התהום. אין ספק כי חציבת הבאר כרוכה הייתה במאמץ ציבורי-קהילתי שנמשך זמן רב" אומר טפר. לדברי ד"ר עמרי ברזילי, מ"מ ראש ענף פרהיסטוריה ברשות העתיקות, "בארות מתקופה זו הם ממצא ייחודי בארכיאולוגיה של ארץ ישראל, וכנראה גם בעולם הפרהיסטורי בכלל. שתי הבארות העתיקות ביותר בעולם נחשפו בעבר בקפריסין, והן הצביעו על תחילת תופעת הביות: נראה, שבני האדם ניסו למצוא דרכים לשמור על מי השתייה שלהם מפני זיהום אפשרי ע"י בעלי החיים שגידלו, ולכן תחמו את המים במקומות שאינם נגישים להם. לבארות היה יתרון חשוב נוסף: חציבתן סיפקה גישה למקור מים זמין, במנותק מהתלות במעיינות או נחלים. באר נוספת, המאוחרת ב-1,000 שנה לאלה של קפריסין, נחשפה בעבר באתר עתלית ים בארץ, וכעת נחשפה באר נוספת מתקופה זו, באתר 'עינות ניסנית'. חשיפת בארות אלה תורמת תרומה חשובה לחקר התרבות וכלכלת האדם בתקופה שבה עדין לא הומצאו כלי החרס והמתכת." רשות העתיקות והחברה הלאומית לדרכים יפעלו לשימור הבאר ולהצגתה כחלק מאתרים הסובבים את תל מגידו בתקופות השונות.