החפירה הלימודית של המגמה לארכיאולוגיה באוניברסיטת בן-גוריון בנגב נערכה במתחם C בבאר שבע בקיץ תשס"ד. החפירה, בשיתוף רשות העתיקות, נוהלה על ידי פטר פביאן ויצחק גלעד. האתר של מתחם C, בלב באר שבע בסמוך לשוק העירוני, נפגע מפעילות מודרנית אינטנסיבית. מרבית שטח המתחם כוסה באספלט ומשמש היום כחניון, להוציא אזור מוגבה של כדונם ורבע שנועד לשימור ובו נערכה החפירה. השטח חולק לשלוש יחידות משנה: A, B ו-C.
על פני השטח ובמילויים נמצאו חרסים וממצאים אחרים המלמדים על נוכחות במקום בתקופות ההלניסטית, המוסלמית, העות'מנית, כמו גם במהלך תקופת המנדט הבריטי ועשרות השנים האחרונות. החפירות האחרונות בשטח C העלו שישובים התקיימו במקום במהלך ארבע תקופות עיקריות.
מהתקופה הביזנטית נמצאו קירות ורצפות בשטח A, במזרח, ורצפות ובדלי קירות בשטח C, במערב. משברי הטסרה הרבים ושברי הרעפים ניתן להסיק שבחלק המזרחי של שטח החפירה ניצב בניין ציבורי שטיבו עדיין לא נתברר.
מהתקופה הרומית המאוחרת התגלו שרידים בכל שטחי החפירה. בחלק המזרחי ניצב בתקופה זו מבנה גדול, כנראה ציבורי, שחולק ליחידות משנה על ידי קירות בעובי זהה. ממבנה זה השתמרה רצפה העשויה מאריחי חרס. באחד החדרים בחלק המערבי נמצאה רצפה ועליה עשרות מטבעות מהמאה השלישית-רביעית לספה"נ. בנוסף, נמצאו עליה שלושה כלי נחושת, אולי כלי רפואה, ומגופות אבן וחרס שאחת נושאת עליה כתובת ביוונית.
שרידים מתקופת הברזל התגלו רק בשטחים A ו-B. כמה עשרות סנטימטרים מתחת לרצפות הרומיות נמצאו רצפות וטבונים, מתקופת הברזל. התצפית החשובה היא שהטבונים והרצפות, אחת מהן עשויה מלבנים, אינם נחתכים על ידי הקירות אלא ניגשים אליהם. לפנינו, קרוב לודאי, קירות רצפות ומתקנים של מבנה גדול מאד שנבנה כבר בתקופת הברזל, אולי מצודה. כנראה שתושבי המקום בתקופה הרומית המאוחרת השתמשו במבנה שבחלק התחתון של חדריו כבר הצטבר מילוי שכיסה את השרידים שהותירו אחריהם בני תקופת הברזל.
שברי חרסים ופריטי צור בודדים מן התקופה הכלקוליתית נמצאו בכל שטחי החפירה ובשטח C נמצאו שרידי רצפה או שתיים. המפלס הכלקוליתי נמצאים מתחת למפלסים ביזנטיים שהרסו את רוב היישוב בן האלף החמישי בחלק זה של המתחם. כלי החרס שעל הרצפות דומים לאלה שנמצאו באתרי תרבות באר שבע כמו ביר א-ספאדי ואבו מטר. נאספו גם פריטי צור רבים כמו גרעיני להבים, להבים, להבי מגל וראש חץ גדול מאד – או ראש חנית, ממצא שכמוהו לא נמצא עדיין במכלולי התקופה הכלקוליתית.