האתר,  זיהויו ותולדות חקירתו
האתר הקדום של ראש פינה, המשתרע על שטח של כמאה דונמים, שוכן על שלוחת סלע גיר קשה  (450 – 550 מ' מעפה"י) המשתפלת לכוון דרום-מזרח, מעל קבוצת מעיינות הנובעים בנחל ראש פינה ממערב. חלקו העליון הגבוה, שהיה מיושב החל מן התקופה הרומית ועד 1948, מכוסה כיום על ידי חורבות הכפר הערבי ג'עונה. באזור זה מונחים בין הריסות הכפר פריטי בניה ארכיטקטוניים שמקורם, כנראה, מבית כנסת עתיק שעמד בקרבת מקום, אולי בהגבהה בולטת בפני הקרקע הקיימת בנ"צ 20015.26415. בשנת 1889 דווח ג' שומכר על שראה בחלקו המזרחי הנמוך של הכפר שרידי מבנה עתיק חצוב בסלע, שזוהה על ידו כבית מרחץ (כיום בנויות עליו שתי ברכות מים, נ"צ 20020.26405). הכפר נסקר לפני הריסתו בשנת 1966 על ידי חוליית סקר ארכיאולוגי בראשות א' רונן מטעם אגף העתיקות, ושוב בשנות השמונים על ידי חוליית סקר גליל עליון בראשות ר' פרנקל, וכן על ידי צ' אילן וי' סטפנסקי; בכל אלה דווח על ממצא חרסים ושרידים מן התקופה הרומית ואילך. בשנת 1983 הציע צ' גל, על סמך חרסים מתקופת הברזל א' שהבחין בהם בתחום האתר, לקשר בין שם האתר ג'עוני לבין התיישבות משפחת גוני בן נפתלי (במדבר כו:מח; אם כי יש לציין, ששמו של הכפר על פי המקורות העות'מאניים  הוא ג'עונה, ולא ג'עוני). בשנת 1991 נסקר האתר שוב על ידי חוליית סקר גליל מזרחי בראשות י' סטפנסקי, במסגרת סקר מפת ראש פינה מטעם רשות העתיקות. מתוצאות הסקר התברר, כי בתחומה של המושבה הישנה ראש פינה הסמוכה לג'עונה ממזרח שוכן תל קדום המשתרע על שטח של כארבעים דונמים. בתחומי התל נאספו חרסים מתקופות הברונזה הקדומה I - II, הברונזה התיכונה I (הביניימית; נראה, שלפחות חלק מן המערות שבתחום המושבה, המשמשות כיום כמרתפים ולאחסון, נחצבו בתקופה זו), הברונזה התיכונה II, הברזל I -II, הפרסית, ההלניסטית ואילך. ריבוי החרסים מתקופת הברזל, שכלל גם שבר צלמית של דמות אישה המחזיקה בטמבורין, רמז על פריחה יישובית באתר בתקופה זו.

החפירות
בקיץ 2002 ובראשית שנת 2003, בעקבות תכניות לפיתוח בכביש הבולוואר סמוך לבית דר' מר ובית פיק"א בתחומי המושבה הישנה (נצ"מ 2003/2640), נערכו חפירות ארכיאולוגיות מטעם רשות העתיקות לאורך הכביש הנ"ל על שטח של כ- 100 מ"ר, במימון המועצה המקומית, החברה הממשלתית לתיירות והקרן קיימת לישראל. בחפירות נתגלו שרידי בניה מתקופות הברזל, ההלניסטית, הרומית הקדומה והמאוחרת, הביזנטית והערבית הקדומה. 
תקופת הברזל. מראשית תקופת הברזל (המאה הי"א לפני סה"נ בקירוב) נחשף בחלק המערבי של שטח החפירות (עונת 2002) קיר דו-פני באורך 2.5 מ' שנבנה מאבני גוויל מגיר בכוון דרום-מערב  - צפון-מזרח, מושתת על סלע טבעי.  אל הקיר, שהשתמר לגובה 1.6 מ', קשורים שרידי קיר תמך ובור מדופן באבני גוויל. בקרבתם מצפון נחשף קטע משכבת שריפה בעובי 0.5 מ', המכילה שרידי לבנים, פחמי עץ וגושי טיח הצבוע במרח אדום (פרסקו). כל אלה מעידים על ישוב מבוסס ורמת בניה גבוהה, עם מבנה שקירותיו דופנו בטיח אדום (דומה לו נתגלה בעבר בסאסא בגליל העליון), אשר הוקם כנראה בתקופת הברזל I ונהרס בחורבן קשה במהלך תקופת הברזל IIא (המאה הי' לפני סה"נ). באזור זה נתגלו מעט שרידי בניה נוספים, קטועים, שיש לייחסם כנראה לתקופת הברזל II; וכן שרידי קיר דו-פני מן התקופה הרומית המאוחרת, המכסה על חלק  משכבת החורבן מתקופת הברזל.
בחלק המזרחי של שטח החפירות (עונת 2003), כעשרה מטרים מצפון-מזרח לשטח המערבי אך במפלס-גובה הנמוך ממנו בשלושה מטרים, נחשפו שרידי קירות משני מבנים מלבניים (מכל מבנה נחשף שטח בגודל 2X3 מ', בקירוב) שנבנו מאבני גוויל מגיר קשה והשתמרו לגובה 1.5 מ'. קירות המבנים נבנו אל תוך אדמת מילוי שהכילה שברי טיח אדום, בדומה לשברי הטיח שנתגלו במעלה האתר בשכבת החורבן שנחשפה בשטח החפירות המערבי. אף שלא נתגלו במבנים רצפות, החרסים שנתגלו בהם – הכולל שברי קנקנים, קדרות, סירי בישול, קובעות ששימשו כנראה לפולחן, ומעט חרסי יבוא – מעידים על השימוש במבנה בתקופת הברזל IIב, סביב המאה הט' לפני סה"נ. תיארוך המבנים לתקופה זו מחזק את  ייחוס החורבן של השכבה הקודמת, זו עם המבנה שהיה מדופן בטיח אדום, לתקופת הברזל IIא, סביב המאה הי' לסה"נ. ממצא נוסף מתקופת הברזל שנתגלה בשטח המזרחי כולל אבן מעגלה שלמה, וכן שבר מקערת בזלת מעוצבת היטב עם בסיס תלת-רגל, עם מקבילות כמעט זהות מן המאה הט' לפני סה"נ מראש זית.

התקופה ההלניסטית.

מן המאה הב' לפני סה"נ נתגלה בשטח החפירות המערבי קטע באורך שני מטרים מקיר איתן שכוונו צפון-מערב – דרום-מזרח, בנוי מאבני גזית גדולות מגיר בצורת ראש-פתין ומאבני גוויל לסירוגין, בסגנון פניקי (בדומה לתל דור ואתרי חוף אחרים); קיר זה, שבנייתו הרסה שרידים קדומים מתקופת הברזל, היה בודאי חלק ממבנה ציבורי גדול שהשתרע מכאן ומערבה, מתחת לבתי המושבה הישנה.  נראה שלמבנה זה מתייחסת המסורת המקומית של תושבי ג'עונה הערבית על 'כניס אל-יהוד', עליה הסתמכו המתיישבים היהודיים כשבחרו את המקום לבניית בית הכנסת של המושבה  בקרבת מקום. המבנה מתוארך למאה הב' לפני סה"נ על פי ידית רודית עם טביעת חותם הנושאת כתובת יוונית משנת 171 לפני סה"נ שנמצאה בתחתית תעלת היסוד של הקיר. אפשר, שהמבנה נכבש או נהרס בידי החשמונאים אשר כבשו את הגליל בשלהי המאה הב' או בראשית המאה הא' לפני סה"נ, כפי שנרמז ממטבע של המלך ינאי שנמצא מטרים ספורים ממזרח לקיר בשטח החפירות המזרחי.  

התקופה הרומית.
לתקופה הרומית הקדומה מיוחסת בנייתם של קיר באורך ארבעה מטרים, בנוי היטב מאבנים מהוקצעות בכוון צפון-מערב – דרום-מזרח, שנתגלה בחלק הדרומי של שטח החפירות המזרחי (קרוב לבית דר' מר); קטעי קירות נוספים הקשורים לקיר הנ"ל; וכן שרידי מתקן מטויח שנתגלה מצפון לשטח החפירות המערבי. לתקופה הרומית המאוחרת יש לתארך קיר באורך ארבעה מטרים שנתגלה בשטח החפירות המערבי, המכסה על שרידים קדומים מתקופת הברזל.

 

התקופות הביזנטית והערבית הקדומה. לתקופות אלה מתוארכים קטעי קירות אחדים שנחשפו בשטח החפירות המזרחי, 1 – 1.5 מ' מתחת לפני השטח. הממצא מתקופות אלה כלל נרות חרס  ומספר מועט של מטבעות.

 

דו"ח סקר הריסת הכפר ג'אעונה, ארכיון רשות העתיקות

 

אילן צ' תשנ"א. בתי כנסת קדומים בארץ-ישראל, תל אביב. עמ' 60

 

סטפנסקי י'. תשנ"ד. חדשות ארכיאולוגיות קא'-קב' 12;

 

סטפנסקי י'  תשנ"ט. הפריפריה של חצור בתקופות הברונזה, הברזל והפרסית: מחקר ארכיאולוגי – רגיונלי, עבודת מוסמך, אוניברסיטת תל אביב (אתר 65), 60-59, לוחות VI, VIII.

 

סטפנסקי י'  תשס"ב. רמת כורזים, אריאל 154: 20-19.

 

סטפנסקי י'  תשס"ג. קונגרס הארכיאולוגי ה- 29 בישראל – תקצירי הרצאות, ירושלים. עמ' 6

 

סטפנסקי י'  2003. הכנס החמישי: מחקרים חדשים של הגליל וסביבותיו - תקצירי הרצאות, המכללה האקדמית תל-חי, ללא מספר עמוד.

 

Schumacher G. 1889, PEFQSt 21–22 :68–79

R. Frankel et al. 2001. Settlement Dynamics and Regional Diversity in Ancient Upper Galilee, Archaeological Survey of Upper Galilee (IAA Reports 14),  Jerusalem: 44 (site 373, Ja’unah).