החפירה הלימודית של המגמה לארכיאולוגיה באוניברסיטת בן-גוריון, נערכה בקיץ 2003, בתחום בסיס חיל האויר בחצרים. האתר הנחפר, נמצא על גבעה, במרחק של כ-300 מ' צפונית-מערבית לשרידי אתר אחר המצוין במפה כחרבת אבו צוחיבן (או אבו סחיבאן). החפירה נוהלה על ידי חיים גולדפוס ובני ארובס, בעזרתם של דוידה אייזנברג ורונה וינטר (מנהלות שטחים). פטר פביאן ניצח על מיון הממצא הקרמי.
דיווח ראשון על חשיפת שרידים ארכיאולוגיים באתר, נמסר לדן גזית בשנת 1964 על ידי קצין צה"ל שמצא במקום שרידי רצפת פסיפס, ככל הנראה, בעת כריית קו תקשורת במקום. רם גופנא ורודולף כהן, שהוזמנו לבדוק את מהות השרידים, חשפו קטע של רצפת פסיפס בשטח של כ-5 מ"ר בעומק של כ-5 ס"מ מתחת לפני השטח. בחלקו העליון של הפסיפס, הפונה למערב, נתגלתה כתובת יוונית פגומה בת שתי שורות, שנתחמה בטבלת אוזניים. נראה שהכתובת הינה ציטוט מהאגרת הראשונה אל הקורינתיים xii,30 : "הלכלם מתנות רפואה". מתחת לכתובת השתמר בחלקו צלב מפואר וצבעוני, הכלוא בתוך עיגול. בשנת ,1988 בעת כריית תעלה נוספת על ידי צה"ל, נפגע האתר שנית. גם הפעם נהרסה בחלקה רצפת פסיפס, ככל הנראה, אחרת מזו הקודמת. בנוסף, נהרסו מספר קברים מתקופות שונות, שנתגלו, על יד שייקה לנדר, במהלך ביקור במקום.
במהלך חשיפת השרידים באתר בקיץ 2003 התבררו העובדות הארכיאולוגיות הבאות:עיקר השרידים הארכיטקטוניים שנתגלו באתר, שייכים למנזר קטן, שהתקיים במקום במאות הששית והשביעית לספירה. מרכיבי המנזר כללו אגף מגורים בעל סדרת חדרים מרוצפים, בפסיפס לבן, הפרושים סביב חצר קטנה שבמרכזה בור מים. מעברה הצפוני של החצר השתרע אגף השירותים של המנזר ומן העבר השני נבנתה קפלת התפילה של תושבי המקום. אנו משערים שהפסיפס, נושא הכתובת והצלב שנתגלה באתר בשנת 1964 היה רצפת הקפלה שנעלמה מאז לחלוטין. באחד מפינות החצר נתגלה קבר תת-קרקעי, בנוי בבנית גזית בעל שני תאי קבורה. חדר מלבני בפינה הצפון-מערבית של האתר, בין אגף המגורים לאגף השרותים היה מעוטר בפסיפס צבעוני מרהיב, שבמרכזו מרבד בעל מדליונים קטנים ובתוכם, ככל שניתן להבחין, הוצגו פירות שונים. חלקו הצפוני של הפסיפס נהרס כולו בשנת 1988.
בעוד שהשלב האחרון בהתיישבות באתר התאפיין במספר כלי חרס מן המאותשביעית-שמינית לספ' ובמספר בדלי קירות ורצוף מאוחר. השלבים שקדמו לשלב המנזר אינם כה ברורים. עם זאת, ברור למדי, שההתיישבות הראשונה באתר התרחשה בתקופה הפרסית. הממצא הקטן מתקופה זו שנמצא באחד מהקברים שנחפרו, במפלס נמוך בכ-2 מ' מתחת למפלס המנזר, מרמז אולי להיותו של האתר בתקופה זו מקום קבורה.
ממצא קרמי מן המאות השלישית-רביעית לספ' שנתגלה, בעיקר, במה שנראה כמילוי של בור בחלקו המערבי של המנזר והעובדה שהקפלה של המנזר נבנתה, בברור, בשלב המאוחר לשלב בנית החדרים סביב החצר, שזוהתה על ידינו כאזור המגורים של המנזר, מרמזים לשלב התיישבות ביניים שהתקיים באתר בין התקופה הפרסית לתקופה הביזנטית. לאור הממצא הקרמי מן התקופה הרומית המאוחרת מחד גיסא ובנייתה המאוחרת של הקפלה מאידךגיסא, אנו מציעים שראשיתו של המנזר הקטן שנתגלה כאן הייתה בבית חווה, או אחוזה פרטית, שנבנתה בתקופה הרומית המאוחרת.