בחפירות הנרחבות שנערכו בשנות השבעים והשמונים בתל אפק שבשרון בהנהלת פרופ' משה כוכבי ופרופ' פרחיה בק ז"ל, מטעם אוניברסיטת תל-אביב, התגלה מבנה בודד ומרשים שנחרב בשריפה עזה לקראת סופה של תקופת הברונזה המאוחרת. הממצאים הרבים שנמצאו בהמבנה, שיש להם קשר ישיר או עקיף למצרים ולפעילות מנהלית ושלטונית, הובילו את החופרים לכנות את המבנה בשם "בית המושל המצרי". החופרים הניחו שבשל מיקומה האסטרטגי של אפק הציבו המצרים במקום מושל ויחידת צבא.מאז פרסום המבנה לראשונה ועד היום הועלו תהיות רבות בנוגע לתפקידו במערך השלטוני המצרי. מה היה מעמדה של אפק אל מול יפו, מרכז שלטון מצרי המוזכר גם מקורות הכתובים? האם היו אלו דווקא המצרים ששלטו במקום? מה היו תפקידיו המרחביים של המבנה ומה הייתה זהותם האתנית של תושביו?
 
הכנתם לפרסום של ממצאי החפירה מאפשרת כיום לערוך דיון מחודש במעמדו של "בית המושל" ובהקשריו המרחביים עם יתר אתרי מישור החוף המרכזי. מתברר, שבניגוד לאזורים אחרים בארץ בהם שימרו המצרים את המערכת השלטונית הכנענית, במישור החוף המרכזי בחרו המצרים להקים מערך של אחוזות מלך או מקדש, שלהם היו תפקידים כלכליים, מנהליים ושלטוניים.