בעקבות תנופת הפיתוח של העשור האחרון ביפו, נערכו במישורים שממזרח, צפון ודרום לתל הקדום חפירות הצלה רבות, בהן גם פרויקטים רחבי יריעה. חפירות אלה הוסיפו מידע רב על תולדות העיר, כשהחידוש העיקרי בגילויה של עיר תחתונה ששיאי התפשטותה בתקופות ההלניסטית והצלבנית. לא פחות חשוב הינו המידע הרב שהצטבר אודות קורות יפו במהלך מאתיים השנה האחרונות של השלטון העות’מאני. תקופה זו מתועדת ביומני נוסעים, דו”חות צבאיים, תעודות מנהליות, מסחריות ודתיות, איורים, מפות, והחל משלהי המאה ה 19- גם בצילומים. זהו מאגר מידע עשיר, מגוון ומרתק, אך נתוניו מגיעים ממקורות סובייקטיביים המושפעים ממטרות ממוקדות, כמו גם מפרשנויות אתנוצנטריות ומרגשות דתיים. על כן למחקר הארכיאולוגי ביפו, המתבסס על ראיה מדעית אובייקטיבית, והמתייחס למכלולים רחבים ולרצף היסטורי, תרומה חשובה בבחינת המקורות הכתובים, בגיבושם לצד הממצא החומרי לתמונה רציפה וכוללת ובתוספות משמעותיות של פרטים עליהם הכותבים מדלגים.
ענף ה“ארכיאולוגיה ההיסטורית” באירופה ובארה“ב מתמקד במחקר התקופות המאוחרות, החל מימי הביניים ועד למאה ה 19- ואף מעבר לכך. המחקר הארכיאולוגי של יפו מיישם את עקרונות הארכיאולוגיה ההיסטורית הלכה למעשה, תוך בחינת שרידי מבנים ופריטים מגוונים משלהי העידן העות’מאני בהקשר ההיסטורי הרחב של טקסטים, מפות ואיורים. התמונה המתקבלת ממחישה את חשיבות מימוש עקרונות הארכיאולוגיה ההיסטורית, המשלבת את כלי החפירה עם מדפי הארכיונים, גם בישראל.