על התקופה שבין ימי אלכסנדר ינאי לבין המרד הגדול אין בידינו כל עדויות היסטוריות ישירות על גמלא והממצא הארכיאולוגי ממלא את החסר. עדות עקיפה לתקופה זו אפשר למצוא אצל יוסף בן מתתיהו, המתאר בנפרד שני אירועים אותם ניתן אולי לקשור לגמלא: באחד הוא מספר כי בימי הורדוס התיישבו בבשן (ואולי אף בעיר גמלא עצמה) משפחות יהודיות שבראשן עמד זמרי, שהגיע מבבל בראש חמש מאות פרשים ובני משפחותיהם. הורדוס, שרצה ליישב את ספר ממלכתו, נתן להם אדמה ופטרם ממסים. זמרי הקים בבשן מבצרים וכפר בשם בתירא. הוא הגן על האזור מפני שודדים שבאו מן הטרכון ושמר על היהודים מבבל, שהיו עולים לרגל לירושלים. נכדו של זמרי, פיליפוס בן יקים, שר צבא אגריפס השני, נזכר פעמים מספר אצל יוסף בן מתתיהו בהקשר לגמלא. יש המנסים לקשר בין גמלא לבין תנועת הקנאים ואלעזר בן-יאיר, מנהיג המרד במצדה. על פי גרסה זו, הנתונה לפרשנות, מגמלא יצא "חזקיה ראש הבריונים" שנהרג בידי הורדוס. בנו יהודה, המכונה "הגלילי", שעמד בראש מחנה המורדים בימי מרד וארוס (4 לפני סה"נ), היה ממייסדי כת הקנאים. אותו יהודה היה ממנהיגי המרי האזרחי גם בעת מפקד קוויריניוס (6 לסה"נ). על "יהודה איש הגולן מעיר ששמה גמלא" מספר לנו יוסף בן מתתיהו, כי נעשה מנהיגה של כת "הפילוסופיה הרביעית", יש המשערים כי הוא אותו יהודה הגלילי הנזכר לעיל. בראשית המרד הגדול עמד מנחם, בנו השלישי של יהודה, בראש "השודדים" הסיקרים. בן דודו של מנחם היה יאיר, אבי אלעזר, שנמלט למצדה, עמד שם בראש המורדים ופיקד על הגנתה.