מקווה הטוהרה הנמצא בחזית בית הכנסת הוא הגדול מבין ארבע המקוואות שנחשפו עד כה בעיר. אין ספק שהיה זה מתקן ציבורי הקשור לבית הכנסת ונבנה יחד אתו. נפחו כ-20 מ"ק ובפינתו האחת בריכה קטנה ששימשה ככל הנראה גם כבור שיקוע וגם כאוצר למי גשמים שנוקזו (ככל הנראה) מגג בית הכנסת. בנוסף לכך מצאנו תעלה שהובילה מים אל המקווה, והיא כנראה סופה של תעלת המים שעברה דרך חדר הלימוד ואולם בית הכנסת. המקווה בנוי לפי כללי ההלכה. שתי המדרגות התחתונות שבו הן רחבות במיוחד, על מנת להבטיח עמידה יציבה לטובלים ולהתחשב בבעלי קומה שונה. בזמנו הועלתה הסברה כי המקווה נבנה כתוספת רק בימי המרד, אך אין לכך כל אחיזה בממצא.