היסטוריונים וחוקרי מקרא מטילים ספק בקיומה ההיסטורי של הרפורמה הפולחנית של חזקיהו. לדעתם האירוע ההיסטורי שבו בוטלו מקומות הפולחן מחוץ לירושלים התרחש רק בימי יאשיהו, וייחוס רפורמה כזו לימי חזקיהו הוא תוצר ספרותי, פרי החיבור והעריכה של ספרי מלכים ודברי הימים.
קרוב ל-50 שנה חלפו מאז גילוי המקדש בתל ערד, ומתברר שמציאותו היא תופעה ייחודית בממלכת יהודה, אם כי אין ספק שגם בתל באר שבע היה מבנה פולחן על פי עדות חלקי מזבח הקורבנות שנחשפו שם. עם זאת, נכונה האבחנה של עמיחי מזר, ולאחרונה גם של אברהם פאוסט, כי בתקופת הברזל ב' נתגלו שרידים מעטים של מבני פולחן, במיוחד לאור ההשוואה עם הממצא העשיר של מקדשים מתקופת הברונזה המאוחרת.
מה ניתן ללמוד אם כן מן הממצא הארכיאולוגי בבקעת באר שבע על נוהגי הפולחן בממלכת יהודה? לדעתי העדויות מתל ערד ומתל באר שבע מצביעות בבירור על קיומם של מקדשים במסגרת המערך הממלכתי של יהודה במאה השמינית לפנה"ס. מקומות פולחן אלה בוטלו במכוון בפרק זמן קרוב, אך קודם להרס של היישובים הללו במסע סנחריב. בתל ערד, שהמצודה בו שוקמה במהלך המאה השביעית, לא בנו מחדש את המקדש אלא השאירו את שרידיו קבורים ומכוסים.
ממצא זה תומך בקיומם של המקדשים בערד ובתל באר שבע במהלך המאה השמינית, ובביטולם לקראת סופה של מאה זו, ועל כן יש הצדקה מלאה לייחס את ביטולם לרפורמה פולחנית בימי חזקיהו. לעומת זאת אין בממצא הארכיאולוגי, לא בערד ולא בכל מקום אחר, כדי לאשש את קיומה של רפורמה פולחנית בימי יאשיהו. מסתבר שעורכי המקרא ייחסו ליאשיהו את החזרה על רפורמה פולחנית, מתוך רצון להדגיש את מרכזיותו וייחודו של המקדש בירושלים, שהוא הרעיון המרכזי באידיאולוגיה הדויטרונומיסטית.
את מיעוט שרידי המקדשים בתקופת הברזל ניתן להסביר על פי השערת אהרוני כי מלכתחילה הם נבנו רק בקצוות הממלכות כמקדשי גבול, או לחילופין, בהשערה כי הרפורמה של חזקיהו בוצעה ביסודיות ומחקה את שרידי מבני הפולחן. בכל מקרה הארכיאולוגיה של בקעת באר שבע תורמת לשחזור ההיסטורי של נוהגי הפולחן ביהודה, ומציגה תמונה שונה באופן בולט מן העדות המקראית.