במהלך חפירות נחפרו שלושה מכלולים בנויים, בנינים 100, 200 ו- 300 בשטח התחנה החדשה וחלק ממכלול חווה סמוך לתחנת המשאות.
במהלך חפירות הצלה ארכיאולוגיות שערכו ש. לוי וי. עורי בפברואר 1955, ציינו החופרים כי במרחק של כ- 150 מ' ממבנה התחנה נמצאת אבן שכב של מתקן פריכה. על האבן חריטות ואסם ואחרות, לדעתם אפשר ושימשה כאגן ריסוק בבית-בד ש. ייבין בביקור באתר במהלך החפירות ציין כי מדרום לאבן ומדרום מערבה "מצויות שתי גבשושיות ניכרות הטומנות בתוכן ללא ספק שרידי בנינים" (יביין 20.2.1955).
החפירות :
מבנה 100: המבנה נמצא בחלקו הדרומי מערבי של השטח הנחפר, והוא כולל מגדל ששטחו כ-75 מ"ר ובו שני חדרים (1-2) וחדר נוסף (3) שנבנה מאוחר יותר, שטחו כ- 16 מ"ר והוא נסמך למגדל ממזרח. קירות המגדל רוחבם 1 מ', יסודותיהם בנויים אבני גוויל, בחלקו הדרומי נחשף נדבך הבנוי מבחוץ באבני גזית. בקירו המערבי של המבנה נחשף קיר תמך משופע הבנוי אבני גזית, תופעה שכיחה במבני התקופה הביזנטית בדרום הארץ, לא נמצאו כל עדויות לתמיכה שכזאת סביב שאר קירות המגדל דבר שגם לא ניתן לשלול לחלוטין. רצפת חדרי המגדל הייתה מאדמה כבושה, על רצפת החדר המזרחי נחשפה שכבת אפר עבה, בחדרו המערבי נמצאה נישה בקירו הצפוני ובפינתו הצפונית מערבית, שרידי גרם מדרגות שהעלו את דרי המגדל לגגו. תוכניתו ומיקומו מעידים כי שימש כמגדל שמירה ותצפית בעורף החקלאי של העיר באר-שבע או כנקודת ביקורת בדומה למצד מעלה צין והמגדל בעין עבדת. במפולותיו ובמפלסי החיים מחוץ למבנה נמצאו שברי כלי חרס, מסמרי ברזל ושברי כלי זכוכית האופייניים לתקופה הביזנטית.
מבנה 200: ממזרח למבנה 100 נחשף המבנה מבנה אורך, תוכניתו מלבנית, מידותיו 18X 6.7 מ', שטחו כ-120 מ"ר ובו חמישה חדרים. מן המבנה שרדו בסיס קירותיו הבנויים אבני גוויל, רוחבם 0.60-0.70 מ' והשתמרו לגובה של עד כ-0.3 מ'. נראה כי יסודות אלו שימשו בסיס לקירות לבנים שלא השתמרו. למבנה חדר מרכזי, משני צידיו שני אגפים זהים, שבכל אגף חדר גדול וממנו מעבר לחדר קטן. נראה כי האגף המערבי והחדר המרכזי נבנו כגרעין המבנה, האגף המזרחי, נבנה מאוחר יותר במהלך השימוש במבנה. רצפות החדרים מאדמה כבושה, הממצא על הרצפות ובמילוי החדרים היה דל. באחד החדרים נמצא מטבע האופייני לתקופה האיסלמית הקדומה ובאחר נמצא שבר כלי עבודה מברזל. נראה כי מבנה זה נבנה בראשית התקופה האיסלמית הקדומה ימי בית-אומייה, תוכניתו דומה למבני אורך שכמותם נחפרו בערבה ובאזור אילת (כפר נחל שחק, באר-אורה, אילות) תוכניתם של מבניים אלו להערכתנו משקפת תוכנית אוהל, בו החדר המרכזי שימש את אב המשפחה ובכל אגף התגוררה אישה וילדיה, כאשר הרחבת המבנה משקפת הוספת אישה לבית האב.
מבנה 300: מצפון מזרח למגדל נחשף מכלול בנוי של מבנה 300, ששטחו כ- 600 מ"ר והובחנו בו 12 חדרים וחצרות קטורות. התפתחותו ותוכניתו של המכלול מלמדים כי במכלול היה בית חווה בדומה למבנה החוות שנחשפו בסמוך. הממצא כלל שברי כלי חרס, כלי זכוכית, וכלי אבן האופייניים לתקופה הביזנטית.תחנת המשאות: נפתח שטח של 50 מ"ר, מדרום מערב לשטח B של חפירות ש. לוי וי. עורי משנת 1955, בו נחשפו שרידי מבנה ובו שלושה מרחבים בנויים שבשניים מהם נתגלו תנורי אפייה. נראה כי מכלול זה היה חלק ממכלול חווה ששטחה כ- 25X25 מ"ר אשר חלקה הצפוני תועד במהלך החפירות באזור זה בשנת 1995. מלימוד דוח החפירה שנמצא בארכיון רשות העתיקות נראה כי במהלך החפירות בשנות החמישים נוקו ראשי קירות המכלול שנראו ושורטטו, קירות אלו נותרו בשטח עד עצם היום הזה. חלק מחלקה הדרומי של החווה נפגע כנראה במהלך עבודות העפר שנערכו לצורך הנחת מסילות הברזל וחלקה האחר כוסה ונחשף בחפירתנו. הממצא כלל כלי חרס, אבן ומטחנת קמח מטיפוס רחיים של חמור.