מצודת צפת זכתה לאזכורים היסטוריים רבים. במשך קיומה (1837-1102 לספירה) חרבה המצודה מספר פעמים ברעידות אדמה ושוקמה מחדש. אחרי רעש 1837, המצודה לא שוקמה יותר והתורכים החליטו לרדת מגבעת המצודה והפקירו את שרידיה לשודדי אבן ולשורפי אבן לסיד. לאחר פעולות שכנוע שנמשכו 20 שנה אישרה החברה הממשלתית לתיירות מימון לחפירות במצודה.
פרוייקט המצודה, שהחל באוקטובר 2001, מתחלק לשני שלבים:
חפירת חישוף בליווי צמוד של תחום שימור: חפירות החישוף נערכות באמצעות דחפור לפינוי הצטברויות העפר והאבנים העצומות המצויות בשטח הדרומי של המצודה.
החפירה הארכיאולוגית נעשית בשני מוקדים: בחלק הדרומי – מערבי במצודה ובמגדל העגול שבשיא המצודה.
החלק הדרומי-מערבי: פונתה הצטברות עפר שהגיעה לגובה של 8 מ' לאורך כביש המצודה ונחשף קיר (100W), בנוי אבני גזית גדולות שאורכו כ30- מ'. במקביל לו ומעליו, התגלה קיר (101W) גבוה יותר בנוי אבני גזית מאבן גיר רכה.
המגדל המרובע - פונה מאבני מפולת ענקיות. בצדו הצפוני נחשף שער שמסדרון ארוך מוביל אליו ובמזרחו נחשף חלק מקמרון בנוי אבנים גדולות, שסדקים רחבים נפערו בו ברעש אדמה. קמרון זה מתחבר עם קמרון נוסף, הנמצא מזרחית לו.
כדי לשחרר את הלחץ מעל הקיר הגבוה (101W), נפרצה דרך נוספת במפלס גבוה יותר. תוך כדי כך נחשף אולם מקומר, שאורכו כ25- מ' ואשר טיח גירני נשתמר על חלק מאבניו. האולם נמצא מלא באבני מפולת ובמילוי מכוון של אבנים וטיט.
המגדל העגול: נחשף צידו המזרחי עד לגובה של 6 מ'. הקיר החיצוני של המגדל בנוי אבני ענק בשיטת ה"ראשים" הפונים אל מרכז המגדל. נראה שזהו המגדל שאל-עות'מאני, בספרו משנת 1372 לספירה, מתארו כדמוי-חילזון ואשר נבנה על ידי בייברס לאחר שכבש את צפת מידי הצלבנים בשנת 1266 לספירה.