יפו היא אחת הערים העתיקות ביותר בישראל. משנת 1948 נערכו בה חפירות ארכיאולוגיות שונות. כבר בשנות החמישים נחשפו על ידי יעקב קפלן שרידי יישוב מתקופת המקרא בתל יפו. החפירות של קפלן נמשכו עד שנות השמונים וחודשו לאחרונה על ידי פרופ' זאב הרצוג מטעם אוניברסיטת תל אביב. בשנות השבעים גילה קפלן לראשונה את שרידי חומות הים, וחפירתן חודשה על ידי חופרים שונים מטעם רשות העתיקות בשנות התשעים. בשנות התשעים נחשפו על ידי רינה אבנר וחופרים אחרים מטעם רשות העתיקות קברים מתקופות שונות בבית הקברות הדרומי של יפו וכן מבנים מהתקופות ההלינסטית והרומית בכיכר קדומים. עד לאחרונה לא נערכו חפירות ארכיאולוגיות בשוליים המזרחיים של העיר העתיקה, ורק באמצע שנות התשעים התברר שגם באזור זה יש שרידים קדומים מתקופות שונות.
בחודש אוקטובר 2002 החל פרויקט שיקום ושיפוץ שוק הפשפשים ביפו מטעם עיריית תל אביב ומשרד התיירות. במסגרת הפרוייקט נערכו חפירות מטעם רשות העתיקות בניהול המחבר ובסיועם של עמית ראם ופיטר גנדלמן. עד כה נערכו חפירות בשבעה רחובות, בהם רחוב עמיעד, רחוב עולי ציון ורחוב בית אשל, שהם שלושה מהצירים המרכזיים של שוק הפישפשים. חפירות אלה הן המחקר הארכיאולוגי וההיסטורי הראשון שבודק באופן שיטתי אזור זה של יפו. החפירות טרם הסתיימו אך כבר עכשיו אפשר לומר שתוצאותיהן חשובות ביותר לחקר יפו העתיקה.
במהלך החפירות התברר כי האזור שבין רחוב יפת לרחוב יהודה מרגוזה היה מיושב כבר בתקופה ההלניסטית. כן התגלו בו שרידי קדומים מהתקופות הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הצלבנית והעות'מאנית. בתקופה הביזנטית היה זה אזור תעשייה לייצור יין ומוצרים אחרים הקשורים ליצוא מנמלה של יפו. בחפירות התגלו מספר גיתות, מתקני ייצור צבע ומתקנים תעשייתיים אחרים. בתקופה האסלאמית הקדומה המשיך האזור לשמש לתעשייה אך באופן חלקי. מהתקופה הצלבנית התגלו מבנים באורינטציה אחידה, המעידים על רמה גבוהה של תכנון עירוני. נראה כי גם ביפו, בדומה לערים אחרות בתקופה הצלבנית בהן למשל עכו, התקיימו שכונות שונות השייכות לקבוצות צלבניות שונות. העיר מהתקופה הצלבנית נהרסה לגמרי על ידי הממלוכים, ואזור שוק הפישפשים נותר נטוש עד לתחילת התקופה העות'מאנית. במשך תקופה זו שימש האזור לחקלאות, ובעיקר לגידולי תפוזי יפו המפורסמים, על סמך תעלות השקייה, בארות מים ובתי חווה שהתגלו בחפירות. מאוחר יותר נבנה כאן שוק, שרק בימי המנדט הבריטי התגבש עיצובו כפי שהוא מוכר היום.
החפירות עדיין בעיצומן, אך כבר עתה ברור כי הפרוייקט תורם לתושבים, לסוחרים, למבקרים וכמובן גם לחוקרי יפו.