שרידי העיר המפוארת מן התקופה הרומית בבית שאן נודעו עוד לפני החפירות. כבר מן השלבים הראשונים של העבודה תוארכו שרידים מפוארים אלה לתקופת הזוהר של השלטון הרומי באזור- תקופת 'השלום הרומאי' במאות הב'-הג' לסה"נ. לאחר דיכוי מרד בר כוכבא השתררה תקופה של שלום ופיתוח שהתבטאה בבנייה מואצת ומפוארת. תופעה זו אופיינית לכל הערים בארץ ישראל.
אלא שהמקורות הכתובים, והחשוב בהם יוסף בן מתיתיהו, מציינים תקופת פריחה מוקדמת לעיר במאה הא' לפסה"נ ובמאה הא' לסה"נ. העיר הוקמה בעמק שלצד התל לאחר כיבוש פומפיוס את ארץ ישראל (שנת 63 לפסה"נ). בתקופה זו הייתה העיר סקיתופוליס אחת הערים החשובות בערי הדקאפוליס והתקיימה בה קהילה יהודית גדולה. שרידיה של עיר זו נקברו ברובם תחת הבנייה המחודשת והמפוארת. התברר כי התאטרון היה קיים כבר במאה הראשונה לסה"נ ואולי קודם לכן, אף שהיה פחות מפואר. הבזיליקה העירונית אף היא נבנתה בתקופה זו וכן התגלו שרידים מפוזרים של רחובות ורחבות, ברכות וחדרי מרחץ, מקדשים ומבנים ציבוריים. לראשונה, לאחר שנות עבודה רבות, יש אפשרות להציג הצעה למיפוי המרכז העירוני בתקופה זו.