בשנת 1993, במסגרת 'מבצע מגילה' חודשו החפירות הארכיאולוגיות בקומארן. החפירות נמשכו לסירוגין עד שנת 2004. בחפירות המחודשות נתגלו אלפי ממצאים שיראו אור בפרסום בעתיד הקרוב. במשך החפירות נערכו בדיקות וחפירות בתוך האתר ומחוצה לו. נחפרה אמת מים לאתר מכיוון מערב. נחשפה רחבה מרוצפת מדרום לאתר ונחפר השטח ממזרח לקיר המזרחי של האתר שבו נתגלו ממצאים רבים. בין הממצאים יש לציין כלי חרס תמימים רבים, כלי מתכת, כלי אבו, כלי זכוכית, אוסטרקונים ומטבעות רבות המאפשרות תיארוך טוב יותר של האתר. כמו כן, נמצאו ממצאים מתקופת הברזל, מן המאה השביעית לפני הספירה, המצביעים על השלב הקדום של היישוב בקומראן. בנוסף נתגלו בחפירות החדשות עצמות בלע חיים טמונים בתוך כלי חרס באדמה וכן תמרים ועצי דקל שרופים.

העדויות החדשות הביאו לבחינה מחודשת של ההיסטוריה של קומראן. הם שופכים אור חדש על היבטים אחדים של היישוב במקום ואולי אף לפיתרון חידת קומארן המעסיקה את המחקר במשך שנים רבות.

דיווח נוסף על החפירות החדשות בקומראן