תחנת הכוח שנבנתה בחדרה גרמה למחסור בחול וארוזיה בחופים שמצפון לה. חוף הים באזור שמדרום לקיבוץ שדות-ים הוצר, ונדרשו פעולות מיגון וביצור בחוף המרכז הימי ובאזור העתיקות שמדרום לעיר הצלבנית. כמו כן חל תהליך מואץ בהרס החומות וחלקים שלמים מהעיר העתיקה מתמוטטים ונופלים לים. במידה ויימשך התהליך בקצב הנוכחי, ולאור התחזיות לעלייה במפלס הים העולמי, בתוך 20-10 שנה ייעלם חלק ניכר מערי החוף העתיקות של ישראל. הטיפול בהרס ערי החוף העתיקות חייב להיעשות עכשיו, לפני שיהיה מאוחר מדי. רשות העתיקות פועלת בהקשר זה במספר תחומים בשיתוף עם גופים ומוסדות שונים: סקר שימורי וסקר רמות סיכון בערי החוף העתיקות כולל דרכים מומלצות לטיפול על פי סדר עדיפויות; תכנית חירום להצלת חומת הים באשקלון בשיתוף עם חברת החשמל; מיגון אתר אפולוניה בשיתוף עם רשות הטבע והגנים הלאומיים, עיריית הרצליה ואוניברסיטת תל-אביב; ופעילות בועדת הפנים ואיכות הסביבה של הכנסת במסגרת החוק לשמירת הסביבה החופית.