החפירה הארכיאולוגית הראשונה ביפו נערכה בשנת 1948 ע"י משלחת אוניברסיטת לידס (אנגליה).
מאז ועד היום נרשמו יותר מ 70 רישיונות והרשאות לחפירות ארכיאולוגיות באתר החשוב זה.
חפירות נערכו ב 4 אזורים עיקריים ביפו. בתל עצמו חפר יעקב קפלן משנות החמישים ועד שנות ה 80. חפירות אלה חודשו ע"י פרופ' זאב הרצוג מטעם אוניברסיטת ת"א בסוף שנות ה 90.
בנמל יפו ובטיילת בוצעו חפירות ע"י קפלן כבר בשנות ה 80 אך רק לאחרונה נערכו חפירות שיטתיות ע"י רשות העתיקות.
בית הקברות הדרומי של יפו נבדק ע"י חופרים שונים של רשות העתיקות מ 1994 ועד 2000.
האזור הרביעי הוא המדרון המזרחי של התל, מעבר לרחוב יפת, הכולל את אזור שוק הפשפשים. שם בוצעו חפירות ב 1995-6 (יפו גנור) ומ2001 ועד היום במסגרת פרוייקט שיפוץ ושיקום שוק הפשפשים.
ההרצאה מציגה את החפירות בכל האזורים האלה ומאפייניהם:
התל המקראי, חומות הים, בית הקברות מתקופות הברונזה המאוחרת והביזנטית והעיר התחתית שנחפרה לאחרונה.