יבנה-ים יושבה לראשונה בתקופת הברונזה התיכונה והיתה מאוכלסת עד לימי הביניים. בקרבת התל יש מעגן טבעי, המוגן על-ידי שוניות כורכר במערב ושני כפים בדרום ובצפון. במהלך סקרים, שנערכו על-ידי המרכז ללימודי-ים ורשות העתיקות מאז שנת 1980, נתגלו מכלולים שמקורם בספינות טרופות, לרבות עוגנים בגדלים ובמשקלים שונים עם נקב אחד עד שלושה, ציוד דיג, מחברים מעופרת ואנכי אבן של עוגני אבן. חפצים ששימשו על ספינות, כולל תנור בישול מעופרת, אבני שחיקה, קערות מאבן, חפצי דיג (כרסים מברונזה, משקולת מעופרת לרשת דיג, ואנכים מעופרת למדידת עומק), וכן קנקני אגירה, אמפורות, קערות וסירי בישול המתוארכים לתקופות הברונזה המאוחרת, הפרסית, ההלניסטית, הרומית והביזנטית. כל אלה מעידים על פעילות מסחר ענפה במקום. רוב הכלים הם מטיפוסים שיוצרו בארץ-ישראל או במזרח התיכון, אך חלק יובאו מארצות ים תיכון מרוחקות. נתגלה ריכוז של ממצאים מתקופת הברונזה, לרבות עשרות חפצים מזהב (עגילים, חרוזים, שברי תכשיטים, גושים ופסולת מתעשיית התכשיטים) וחותמת המטיט ממקור סורי. הריכוז נמצא פזור באזור שבו נתגלו בעבר 20 משקולות המטיט, ראשי חץ מברונזה, גרזנים ושני פסלונים של האל בעל. הממצא הארכיאולוגי מעיד על כך שהמעגן היה בשימוש רציף החל מתקופת הברונזה המאוחרת ועד לימי הביניים. עד לימינו אנו, מעגן זה הוא היחיד שיכול לתת מחסה לספינות ברצועת החוף בין סיני ליפו.