במסגרת הפעילות שנועדה להבטיח שמירה על משאבי העתיקות הימיים של ישראל במסגרת חוק התכנון והבנייה, השתתפה היחידה לארכיאולוגיה ימית בדיוני הוועדה למימי חופין, הועדה לנושאים תכנוניים עקרוניים, המועצה הארצית לתכנון ובנייה והועדות המחוזיות לתכנון ובניה. בהקשר זה העברנו את המסר כי העתיקות אינן בבחינת "מכשול לפיתוח" וכי יש לראות בהן משאב ערכי בעל פוטנציאל כלכלי שניתן לשלבו בתכניות הבניה והפיתוח.
להוראות תכנית המתאר הארצית לחופים (תמ"א 13 ג) הוכנסה שכבת נתונים לגבי אתרי העתיקות הימיים ,כן השתתפה היחידה בליווי הליך השינויים בתמ"א 13 במסגרת דיוני המועצה הארצית לתיכנון ובנייה. במסגרת זו סווגו אתרי החוף והאתרים התת ימיים לשתי רמות חשיבות: (1) אתרים שהם בחזקת תל ארכיאולוגי שאין לאפשר בו פעולות בנייה ופיתוח, (2) אתרי עתיקות מוכרזים רגילים שלגביהם, בכל מקרה לגופו ייקבע באים ניתן יהיה לאפשר פיתוח ברמות שונות על פי הקף השרידים הארכיאולוגיים וחשיבותם ועל פי אופי הבינוי המתוכנן.
על פי בקשה של מינהל התכנון במשרד הפנים, השתתפה היחידה כיועצת מומחית בהכנת מסמך מדיניות למימי החופים של מדינת ישראל. במסגרת זו מופו אתרי העתיקות הימיים בחופי הים התיכון של ישראל, אותרו קונפליקטים בין העתיקות לשימושי קרקע ופעילויות אחרות ונקבעו רמות פיתוח שונות לקטעי החוף השונים על פי מידת החשיבות של ערכי התרבות, הטבע והנוף. המסמך מהווה כיום קו מנחה למתכננים ברמות השונות וכלי לוועדות התכנון והבנייה בבואן לדון ולאשר תכניות בנייה באזור החוף.
בנוסף השתתפה היחידה בתכנון תוואי צינור הגז הארצי בחוף ובים ובצעה סקרים תת ימיים לצורך תכנון ואישור תוואי הצינור והמינגשים היבשתיים.
במסגרת הכנת תכניות מתאר ופיתוח לערי חוף עתיקות השתתפה היחידה בגיבוש מדיניות רשות העתיקות בערים קיסריה, עכו, יפו וטבריה.
היחידה לארכיאולוגיה ימית השתתפה בדיוני הכנסת בנושא החוק לשמירת הסביבה החופית.