בשנת 1998 השתתפה היחידה בפרוייקט החיפושים אחר נעדרי מטוס המוסקיטו שנעלם באוגוסט 1953. במהלך החיפושים נתגלו: מצנח, אקדח, אבזמים של המצנח ומשקפי טייסים (בחפירה שקיימנו במקום התגלו חלקי עצמות אדם. הטייס סגן אליעזר ריזנר והנווט סגן יהודה כץ נקברו בשנת 2002 בטקס ממלכתי שלווה במטס מטוסי קרב. צוללי היחידה הימית קיבלו תעודת הוקרה וכבוד מצה"ל על חלקם באיתור נעדרי המטוס.