חופי הלבאנט הדרומיים שימשו דרך ימית עמוסה במשך כחמשת אלפים השנה האחרונות. קו החוף הים תיכוני של ישראל (כ-188 מטר אורך) ישר ומתעקל קלות, ואין בו מחסות לספינות בעת סערות בים. באזור השפלה ישנם כמה רכסי כורכר הנמשכים במקביל לקו החוף. אחדים מהם שקועים בחלקם בים ויוצרים מעין איים קטנים וריפים מנותקים במרחק של 600-150 מטר מהחוף. אלה יכולים לספק הגנה חלקית לספינות עוגנות. המחסור במחסות טבעיים לאורך החוף וסערות חורף חזקות היו בעיה ליורדי הים. נמצאו כמה פתרונות לבעייה זו, המוצגים להלן באמצעות הטיפולוגיה של נמלים ומעגנות:
נמל בנוי: רציפים, שוברי גלים. שירותים כגון אלה נבנו בדרך כלל על ידי רשויות שולטות החל מהתקופה הפרסית. שלושה נמלים כאלה נמצאים בעכו, בעתלית ובקיסריה.
נמל ראשוני (proto-harbor) (7-3 מ' עומק): אזור מוגן בדרך כלל, ממוקם בצד המוגן של רכס כורכר שקוע מעט במרחק-מה מהחוף עם שיפורים מעשה ידי אדם. מעגנים כאלה היו בשימוש החל מתקופת הברונזה התיכונה (MB) לעגינת לילה או להמתנה לרוחות מיטביות להפלגה. שרידים של תצורות כאלה נתגלו בקיסריה, באפולוניה, ביבנה-ים ובתל רידן.
מעגנה (טבעית) במים עמוקים (עומק 7-3 מטר): רכס כורכר שקוע חלקית, היוצר איים קטנים. טיפוס זה היה בשימוש החל מתקופת הברונזה התיכונה ודומה לטיפוס 2. מעגנות מהסוג הזה נמצאו באכזיב, בשבי ציון, בעתלית, בנווה-ים, בדור, במעגן מיכאל, בתל תנינים (ג'סר א-זרקא), בקיסריה, במכמורת וביפו.
מעגנה טבעית במים רדודים (3-1 מטר עומק): מחסה שנוצר על ידי תצורות טבעיות הקרובות לקו החוף. סוג זה של מעגנה, מנצל מפרצונים קטנים וטבלות גידוד אשר משמשים לעגינת סירות דיג קטנות. דייגים מסורתיים בימינו עדיין משתמשים במעגנות כגון אלה בג'סר א-זרקא, בשקמונה, בעכו ובאכזיב.
מעגנה בים הפתוח: רכס כורכר שקוע, הנמצא במרחק של 600-300 מ' מהחוף, כאשר פסגתו נמצאת בעומק 12-4 מ' מתחת לפני הים. טיפוס זה מספק שטח אחיזה מרבי לעוגני אבן עתיקים. ספינות עתיקות בחרו מקומות כאלה לעגינה, באזורים שבהם לא היו מסתור או מתקני נמל, וקרקעית הים היתה חולית. שתי מעגנות מטיפוס זה נתגלו בחופי הדרום ומול מכמורת במרכז הארץ.
מתקן עגינה חצוב בסלע: זקיפים חצובים (bollards) נמצאו בשקמונה ובאכזיב. נקבי עגינה תועדו בחוף הדרומי בדור.
נמל בפתח נחל חופי: הוצע שנחלים שימשו כנמלי עורף יבשתיים לספינות בתקופת הברונזה. טענה זו עדיין נבדקת.