סערת הרוחות שרגשה סביב עבודות השיקום במעלה המוגרבים הציפה מחדש שמות של מקומות וביטויים המשמשים מזה שנים רקע ותפאורה לאירועים ולפרשיות שבמרכזם עומדת שאלת זכויותיהם של היהודים בכותל המערבי והלגיטימציה של החפירות הארכיאולוגיות סביב הר הבית. כבר מאמצע המאה התשע-עשרה ניסו היהודים לשפר את מעמדם במקום המקודש להם. בשנות ה-50 של המאה התשע-עשרה ניסה היהודי החכם עבדאללה מבומבי לקנות את הכותל, אך משימתו לא עלתה בידו. גם ניסיונותיו של השר משה מונטיפיורי לא צלחו, וכל שהשיג היו הסדרים ארעיים, שבוטלו מפעם לפעם בעקבות פנייה של ראשי הווקף (ההקדש המוסלמי) לשלטונות העות'מאניים, שחששו שהיהודים ירכשו להם זכות וחזקה במקום. בשנת 1887 הגה הברון רוטשילד תוכנית לרכישת שכונת המוגרבים, אולם בסופו של דבר בוטלה התוכנית מסיבות שאינן ידועות. גם ניסיונותיו של בנק איפ"ק לרכוש את סביבות הכותל עבור היהודים ערב פרוץ מלחמת העולם הראשונה לא התממשו.
לאחר הצהרת בלפור החלו המוסדות הציוניים להבליט את הכותל כסמל לאומי של העם היהודי, נוסף על משמעותו הדתית. פעולה זו הביאה את המופתי של ירושלים לטעון שהיהודים מתכוונים להשתלט על הכותל, ולכן הכריז על הכותל — ללא כל אסמכתא דתית או היסטורית — כעל אתר מוסלמי מקודש. קיר אבנים זה, שלפנים לא ייחסו לו המוסלמים כל חשיבות נתכנה מעתה 'אל-בוראק', כשמה של בהמת הרכיבה הפלאית של הנביא מוחמד.
בשנות העשרים של המאה העשרים פקד המופתי של ירושלים לפתוח בדרום הרחבה את שער המוגרבים; בכך הפך את רחבת התפילה ממבוי סתום למעבר לעוברי אורח שהעוברים לאורכו הטרידו את המתפללים. בחודש אוגוסט 1929 התפרץ המון מוסלמי מוסת דרך הפתח שקרע המופתי בדרום הרחבה, פרע במתפללים היהודים והשמיד תשמישי קדושה. ימים אחדים לאחר מכן פרצו 'מאורעות תרפ"ט'. בעקבות מאורעות אלה הוקמה על ידי הבריטים ועדת חקירה. בדוח הוועדה נכללה הערה מפורשת על השימוש באגדת אל-בוראק בידי המופתי כדי להסית נגד היהודים.
את הקשר הראשון בין אל-בוראק לאזור זה ניתן לזקוף לזכותו של מוג'יר א- דין, שופט ירושלמי בן המאה החמש-עשרה, שחיבורו "תולדות ירושלים וחברון" הוא תרומה חשובה מאין כמוה להכרת ירושלים. בין המבנים שהוא מתאר בשטח הר הבית נמצא גם המסגד המכונה בשם מסגד המערבים (מסג'ד אל-מאגריבה). "בחצר הר הבית, ממערב למסגד אל-אקצא, מבנה מקורה בקמרונות הידוע בשם "מסגד המערבים". זהו מקום המעורר יראת כבוד ורבים באים אליו להתפלל..." (תרגום: יוסף דרורי; מתוך אריאל, כתב עת לידיעת ארץ-ישראל, חוברת 59, תשמ"ח). לפי תיאור זה ברור שלפחות במאה החמש-עשרה היה מסגד אל-בוראק ממוקם בתוך רחבת הר הבית ובוודאי שלא נכלל באזור שבו הייתה בנויה שכונת המוגרבים המוזכרת אף היא על ידי מוג'יר א-דין.
על תולדותיה של שכונת המוגרבים מעטות מאוד הידיעות. כך גם בחיבורים המונומנטליים הנושאים את הכותרות Mamluk Jerusalem ו-Othman Jerusalem מצוי רק מידע חלקי וחסר משמעות על אודות השכונה. נהוג לחשוב שתושביה של שכונת המוגרבים היו בני המעמד הנמוך; כמעט ואין מידע על מבני ציבור או מבני דת שהיו בשכונתם.
בשנת 2004, כאשר ארעה ההתמוטטות במעלה המוגרבים, נתגלה חדרון קטן ובו גומחה מקורה בכיפה, מעין גומחת תפילה מוסלמית הפונה דרומה. יש המציעים כי מדובר בשרידיו של חדרון תפילה שהיה חלק ממדרסה (מדרשה ללימודי דת מוסלמיים) שפעלה בקרבת שער המוגרבים.
לאחר מלחמת ששת הימים הורחב שטחה של רחבת הכותל למערב ולדרום. בעטיה של הרחבה זו נחשפו המזוזה הצפונית ומשקוף האבן האדיר של שער קדום בשערי המתחם, המוכר בשמו המדעי 'שער ברקלי', שאותו ניתן לראות בעזרת הנשים של הכותל המערבי. שער זה התגלה בשנת 1848 על ידי המיסיונר ג'יימס תומאס ברקלי ששימש אז קונסול אמריקה בירושלים. ברקלי גילה את השער מצדו הפנימי, בתוך הר הבית. גילויו של השער הביא חוקרים אחדים לזהותו עם אחד משערי הר הבית מימי הבית השני, הנזכרים במקורות היהודיים והנוכריים של התקופה, ובהם 'שער קיפנוס'. השער נסתם באבנים בסוף המאה העשירית לספירה, וחדר השער שבצדו הפנימי הוקדש לאל-בוראק. היום החדר סגור והכניסה לתוכו אסורה אלא באישור אנשי הווקף.
במרוצת השנים כוסתה חזיתו החיצונית של 'שער ברקלי', ופני השטח שמחוץ להר הבית התרוממו במטרים רבים מעל למשקוף השער. בשלב כלשהו, ככל הנראה במאה השתים-עשרה לספירה (ואולי אף מאוחר יותר), הותקן בקיר הכותל מעל למפלס שער ברקלי, שער חדש שכונה בשם 'באב אלמאגריבה' ,הוא שער המוגרבים — כשמם של תושבי השכונה שנבנתה סמוך, ואשר הגיעו לירושלים ממרוקו בימיו של צאלח א-דין. שער זה פתוח גם היום, ומשמש כניסה יחידה להר הבית למי שאיננו מוסלמי.
החל מהמאה התשע-עשרה החלו חוקרים אירופיים ואמריקניים לחקור את הר הבית וסביבותיו. באותן חקירות נתגלו, נוסף על שער ברקלי, גם שרידיהם של קשת רובינסון וקשת וילסון הקרויות בשמם של החוקרים שגילו אותן לראשונה. חוקרים ידועים אחרים, כמו הבריטית קת'לין קניון, ערכו פעולות חפירה באזורים הסמוכים להר הבית.
תנופה מחודשת במחקר הארכיאולוגי וההיסטורי של האזור החלה לאחר מלחמת ששת הימים, עת נערכו בסביבות הכותל חפירות ארכיאולוגיות רחבות-היקף בניהולו של הפרופ' בנימין מזר: עיקרם נערך בשטח שמדרום לרחבת הכותל המערבי, ושטח נוסף נחפר גם בתחום הרחבה עצמה. מאוחר יותר פיקח הארכיאולוג מאיר בן-דב על החפירות שנערכו במנהרות הכותל ומתחת לבתי הרובע המוסלמי, פעולה שנמשכה ביתר שאת על ידי דן בהט.
כבר מראשיתן זכו החפירות להתנגדויות עזות מצדם של חוגים איסלמיים וארגונים בינלאומיים, שלא קיבלו את פעולתם של החוקרים הישראלים בירושלים, ללא קשר לגילויים עצמם. לעתים הייתה זו התנגדות שקטה, ולעתים, כאשר קולות ההסתה גברו, הגיעו הדברים לכדי התפרצויות אלימות. את מעשיהם נימקו המתנגדים לחפירות בחשש לכאורה מפני חפירה מתחת לכותלי המתחם והרס מכוון של המסגדים שעליו.
חפירותיהם של מזר מדרום לכותל המערבי ושל בן-דב ובהט במנהרות הכותל חשפו תגליות ארכיאולוגיות חשובות ביותר, שגילוין תרם רבות להכרת עברה של ירושלים. בעבודתם הסירו הארכיאולוגים שרידים רבים, לרבות כאלה שהיו לאורך קירות מתחם הר הבית עצמו, וחשפו במלוא הדרם ועוצמתם את נדבכי המתחם ההרודיאני, ולצדו את מדרגות שערי חולדה ורחובות העיר מימי הבית השני, שהיו מכוסים במפולות של אבנים אדירות שפורקו על ידי חיילי הלגיונות הרומיים מכותלי המתחם המקודש. במקומם של השרידים היהודיים בנו הרומים מבנים חדשים, שחלקם, כמו בית המרחץ הרומי, נחשפו במקום. גם בתקופה הביזנטית הייתה יוקרתו של המקום רבה, ולצדו של הרחוב הראשי (הקרדו) שנסלל במקום נבנו עשרות בתי מגורים ומבני ציבור ביזנטיים. בין הגילויים החשובים מאותן חפירות ראויים לציון ארבעה מבנים עצומים בגודלם שנבנו על ידי ראשוני שליטי ירושלים המוסלמיים מבית אומייה. בשנות התשעים של המאה העשרים חידשה רשות העתיקות את החפירות בשטח הגן הארכיאולוגי שמדרום לכותל המערבי, והוא פותח לשמש גן ארכיאולוגי מודרני ומרהיב, שבו מוצגים שרידי עברה של ירושלים, המייצגים נאמנה את תולדותיה של העיר. מנהרות הכותל נפתחו גם הם לקהל המבקרים.
החפירות הארכיאולוגיות באזור חשוב זה לא הסתיימו. בשנה וחצי האחרונות למשל עורכת רשות העתיקות חפירות רחבות-היקף בשטח רחבת הכותל, ונחשפים בה שרידים מרהיבים ומאלפים של אלפיים שנות היסטוריה. החפירות הללו, בדומה ליתר החפירות שעורכת רשות העתיקות בארץ כולה ובירושלים בפרט, מלוות בעבודות שימור שמטרתן להציג את שרידי עברה של העיר — כל תקופה ושרידיה, כל תקופה והמיוחד לה.
בין פעולות השימור, ראוי לציון מיוחד פרויקט שיקום ושימור קיר מבנה המחכמה הממלוכית שבצפון רחבת הכותל המערבי. גם עכשיו עם תחילת החפירות במעלה המוגרבים, דרוכים הארכיאולוגים ואנשי המקצוע שלצדם לקראת הגילויים שיבואו, ואילו המשמרים והאדריכלים מלאים ברעיונות כיצד לשמר ולהציג את אשר ייחשף לטובת העיר, תושביה ואוהביה באשר הם.