חופי דרום הלבאנט היו כר התפתחות לתרבויות ימיות החל מהתקופה הניאוליתית הקדם-קיראמית. חופים אלה הם הסביבה הימית הקרובה ביותר לאזורי הליבה של תחילת ביות הצמחים ובעלי החיים. מערכות מחייה משולבות (agro-pastoral-marine) של חקלאות יבשתית וימית (הקרויים "כפרים ים תיכוניים") התפתחו לראשונה בחופים אלה באלף הז' לפסה"נ. במשך התקופות ההיסטוריות החוף הים תיכוני הישראלי שימש כאזור סחר פעיל לציוויליזציות רבות. אלפי שנים של סחר ימי, דיג וקרבות ימיים, הותירו אחריהן שפע של שרידים וממצאים עתיקים על קרקעית הים ובחופים של הים התיכון, ימת הכינרת, ים המלח וים סוף. הממצאים כוללים ספינות טרופות ומטענים, נמלים ומעגנים, יישובים פרהיסטוריים מוצפים ומתקנים חופיים חצובים. המורשת הימית של ארץ-ישראל מהווה, על כן, פרק חשוב בהיסטוריה של האנושות, וקשורה לתחילת החקלאות ולהופעת שלוש הדתות המונותיאיסטיות.
העדויות הארכיאולוגיות, שמקורן ביישובים הפרהיסטוריים המוצפים, אפשרו לשחזר את הסביבה ואת מפלסי הים בתקופת ההולוקן בחוף הכרמל. הן מספקות גם מידע יקר ערך על התרבות החומרית, הכלכלה והמחייה של ישויות חופיות בדרום הלבאנט בתקופה הניאוליתית.

המחקר הארכיאולוגי הימי בישראל החל בשנות הששים המוקדמות. בתקופה זו הוקמה "האגודה למחקר תת-ימי בישראל". בשנת 1972 הוקמו באוניברסיטת חיפה המרכז ללימודי-ים והחוג לציוויליזציות ימיות. היחידה לפיקוח ימי של אגף העתיקות החלה את פעילותה בשנת 1978. בשנת 1990 החלה היחידה לפעול כיחידה לארכיאולוגיה ימית ברשות העתיקות. פעילויות ארכיאולוגיות נרחבות שהתבצעו במשך כ-40 שנה הניבו מידע חשוב אודות התרבות החומרית, הספנות, הדיג והכלכלה של אוכלוסיות עתיקות בחופי דרום הלבאנט. לפיכך, הארכיאולוגיה התת-ימית תורמת ממד חדש למחקר התרבויות העתיקות בארץ הקודש.

האגודה הוקמה בשנת 1961 על ידי אלישע לינדר, אבנר רבן, יוסף גלילי וי' שפירא. האגודה הייתה הארגון הראשון מסוגו לארכיאולוגיה ימית בישראל. בסיס הפעילות של חברי האגודה, שהיו צוללים
מתנדבים, היה בקיסריה ובמוזיאון הימי הלאומי בחיפה. האגודה ערכה חפירות בנמלי קיסריה, עכו ועתלית וכן בספינות טרופות בשבי ציון ומול כפר פילדלפיה. סקרים נערכו מול חופי הגליל המערבי, חוף הכרמל (מחיפה לקיסריה), אפולוניה, אשקלון והחוף המזרחי בסיני. חפירות בחופי ים סוף, , כללו את "אי האלמוגים", ספינות טרופות ב"שארם א-שיח", "באתר הכספית", ובמפרץ נעמה צפונית לשארם א-שיח. הממצאים מסיני הוחזרו למחלקה המצרית לעתיקות לאחר חתימת חוזה השלום בין ישראל למצרים בשנת 1978.

תהליכים טבעיים: בשל המאפיינים הפיזיים של קו החוף הים-תיכוני בישראל - היעדר מחסות טבעיים לכלי שייט ופעילות של סערות בלתי צפויות - נטרפו ספינות רבות ששטו באזור ונסחפו לחוף. לכן, מרבית השרידים העתיקים הימיים מרוכזים סמוך לקו החוף באזור שבו מתקיימת כיום פעילות ענפה של דיג, צלילה, בנייה ופיתוח. בנוסף, ההתחממות הכללית של כדור הארץ והתמוססות הקרחונים סמוך לקטבים גרמו לעליית מפלס הים, להצפתם של יישובי חוף פרהיסטוריים ולהרס ניכר בערי החוף העתיקות.

בנייה מואצת: תנופת הבנייה של הנמלים והמרינות וכריית חול הים לצרכי בנייה גרמו לחשיפתם של אזורים נרחבים של קרקעית הים, כך שאתרים ארכיאולוגיים שהיו מכוסים בחול ומוגנים, נחשפו לאחרונה.

פעילות של צוללים: סכנה נוספת לעתיקות על קרקעית הים מקורה בפעילות של צוללים רבים (יותר מ-160,000) שאינם מודעים לחשיבותם של השרידים הארכיאולוגיים התת-ימיים ועלולים לגרום לנזקים בלתי הפיכים על ידי משיה בלתי מבוקרת של ממצאים.

שודדי עתיקות: חשיפתם של אתרים ארכיאולוגיים תת-ימיים, כתוצאה מתהליכים טבעיים או פעולות בנייה, הופכת אותם למוקדים מועדים לשוד עתיקות.

ימת הכנרת: שנים ארוכות של בצורת וניצול-יתר של מימי הכינרת גרמו לחשיפה וייבוש של שטחים נרחבים מקרקעית הימה. גם כאן נתגלו נמלים, ספינות טרופות, מטענים ויישובים שהוצפו על ידי הים, החשופים לפגיעה.

הפגיעה בעתיקות בלתי הפיכה ואינה ניתנת לתיקון.
מצב זה מחייב הקמת מנגנון שיבטיח טיפול הולם ושימור התרבות הימית של ארץ ישראל.

מכון ליאון רקנאטי ללימודי ים באוניברסיטת חיפה
המכון נוסד בשנת 1972 במטרה לערוך ולעודד מחקרים ופרויקטים הקשורים לפעילותו של האדם בים. המכון משלב מחקרים מתחומי ההיסטוריה, הארכיאולוגיה, מדעי כדור הארץ ומשאבים ימיים. התלמידים במכון משתתפים במחקרים המתנהלים כחלק מהכשרתם המקצועית, וכותבים עבודות מחקר בהנחייתם של חוקרי המכון ומורי החוג לציוויליזציות ימיות.
בין הפרויקטים העיקריים של המכון: החפירות בקיסריה (בים וביבשה), החפירות בתל-נאמי, חפירות הספינה ממעגן מיכאל והחפירות במעגן הדרומי של דור (טנטורה).

החוג לציוויליזציות ימיות באוניברסיטת חיפה
החוג נוסד בשנת 1973 ובו מתקיימת תוכנית לימודים בין-תחומית עם דגש על יחסי הגומלין שבין האדם לים. הקורסים בחוג מתמקדים בארכיאולוגיה ימית וחופית, היסטוריה ימית, גיאומורפולוגיה וגיאולוגיה של הים ושל החוף, וכן ביולוגיה ימית ואקולוגיה. הלימודים בחוג הם לתואר מוסמך (MA) ודוקטור (PhD).

א. יישוב פרהיסטורי שהוצף על ידי הים

1. יישוב: מבנים, מתקנים, קבורות, כלים.

2. יישוב עונתי: מתקנים, כלים.

3. ריכוז של שרידים עתיקים.

ב. יישוב חוף

1. עיר חוף: מבנים ומתקנים על קו החוף ובים.

2. יישוב חוף: כפר, מבצר, מבנים, מתקנים.

3. ריכוז של שרידים עתיקים.

ג. ספינה טרופה

1. שרידי גוף עץ של ספינה ומטען.

2. ריכוז של מטען ושרידי ספינה, לא כולל חלקי עץ של גוף הספינה.

3. ריכוז אבני ניטלה.

4. ממצא בודד שמקורו בספינה.

ד. נמלים ומעגנים

1. נמל בנוי: מזחים, רציפים ושוברי גלים.

2. מעגן טבעי משופר: תצורה טבעית ששופרה על ידי אדם.

3. מעגן טבעי:  מחסה זמני במפרץ או ליד שרטון כורכר.

4. מעגן בים פתוח: ריכוז של עוגנים ליד סלע תת-ימי.

ה. מתקנים חצובים ובנויים על החוף

1. מחצבות.

2. בריכות.

3. מתקנים להפקת מלח.

4. בארות.

5. מתקנים למשיית ספינות  (Slipways).

6. מתקני קשירה לספינות (זקפים – Bollards).