היחידה לארכיאולוגיה ימית היא הגוף האמון על שמירת המורשת הימית של מדינת ישראל. פעילויות היחידה כוללות:

* פיקוח ואכיפת חוק העתיקות בימים ובאגמים של מדינת ישראל.

* מניעת שוד עתיקות בחוף ובים.

* פיקוח על מיזמי בנייה, למניעת הרס עתיקות.

* מיפוי של אתרים תת-ימיים וחופיים ליצירת מאגר מידע לאומי.

* הכרזת אתרי עתיקות תת-ימיים וחופיים.

* השתתפות בתכניות מתאר ארציות לבנייה, לתיירות ולתחבורה בחופים ובמים הטריטוריאליים של מדינת ישראל.

* עריכת סקרים וחפירות באתרים המיועדים לפיתוח חופי; מחקר ופרסום עתיקות המתגלות במהלך פיקוח, סקרים וחפירות.

* ייזום פעילויות חינוך והסברה, במטרה להעלות את מודעות הציבור לשמירה על העתיקות הימיות (הרצאות, השתתפות בכנסים, השתתפות בהכנת תערוכות).

בנוסף, עורכת היחידה לארכיאולוגיה ימית חפירות הצלה וסקרים בים התיכון, בימת הכינרת, ובים המלח. מטרות הסקר הן לתעד, לחקור, ולפרסם ממצאים ואתרים עתיקים הנמצאים בסכנת אובדן.