בשנת 1953 ייסד א' בן-אלי את המוזיאון הימי הלאומי בחיפה לשם הגברת התודעה להיסטוריה הימית של האזור. במוזיאון מוצג האוסף הגדול והחשוב ביותר של ממצאי הארכיאולוגיה הימית בארץ. האוסף מבוסס בעיקר על ממצאים מחופי ארץ-ישראל וממצאים שנרכשו, ובהם: גרפיטי של ספינות, מודלים של ספינות, קנקני אגירה, עוגנים, מטבעות, חותמות, מפות, מכשירי ניווט, מטעני ספינות וכלי דיג, וכן כלי נשק ימיים, כגון איל ניגוח מברונזה שנתגלה בחוף עתלית.
במוזיאון פועל בית מלאכה לשימור ולבניית מודלים, ובמסגרתו מתקיימים פעילויות חינוכיות וסדנאות לילדי בית-ספר ולמבוגרים.
כמו כן, המוזיאון מפיק קטלוגים לתערוכות הקשורים לתרבות חומרית ימית וכתב-עת (ספונים) העוסק בממצאים מהים ובאוספי המוזיאון.