במוזיאון מוצג אוסף של עוגנים ושל חפצים נוספים שנתגלו במעגן העתיק וביישוב הקדום יבנה-ים, לצד כלי חרס שנמשו מהים באמצעות ספינות מכמורת וממצאים שנחפרו על-ידי חברי הקיבוץ.