כאן מוצגות תערוכות מגוונות המתארות את הממצא החומרי מרחבי ארץ-ישראל, כולל תערוכה של התרבות הפיניקית שהתקיימה לאורך החוף הצפוני של הארץ, שחזור הנמל הפיניקי במפרץ הצפוני בעתלית וממצאים השייכים לתרבות הפיניקית.
במוזיאון מוצג גוף של ספינה בת המאה הה' לפסה"נ, שנמצאה סמוך לקיבוץ מעגן מיכאל והשתמרה לכל אורכה, מהחרטום ועד לירכתיים. במקום יש תצוגה של ממצאים מתוך הספינה: חבלים עשויים סיבי צמחים, עוגן עץ עם זרוע אחת, ערכת כלים של נגר, קופסות עץ מעוטרות, כלי חרס, אמפורות וציוד של צוות הספינה..
במוזיאון מתקיימות הרצאות לציבור הרחב בנושאים של היסטוריה ותרבות חומרית של ארץ-ישראל.
המוזיאון מוציא לאור כתב-עת (מיכמנים) העוסק בארכיאולוגיה של ארץ-ישראל.