המגילות העבריות הקדומות, שנתגלו באקראי בשוליו של מדבר יהודה בשנת 1947 על-ידי נער בדווי, עוררו התלהבות ציבורית נרחבת וגם עיסוק מחקרי רציני לאורכה של כמחצית המאה שחלפה מאז הגילוי הראשון. ריגוש זה מקורו במה שניתן ללמוד ממגילות ים-המלח על ימי הבית השני (520 לפסה"נ-70 לסה"נ), ובפרט על פרק-הזמן שמן המאה הב' לפסה"נ עד לחורבן הבית השני בשנת 70 לסה"נ, שבמהלכו התחוללו התפתחויות רבות משמעות בגיבושן של הדתות המונותיאיסטיות.
שבע המגילות ממערה 1, השמורות היום יחדיו בהיכל הספר, הן ישעיהו א', ישעיהו ב', פשר חבקוק, מגילת ההודיות, סרך היחד, מלחמת בני אור בבני חושך ומגילת בראשית (אפוקריפון של בראשית); כולן כתובות עברית, למעט האחרונה, שלשונה ארמית. כל המגילות הארוכות ראו אור במהדורות מדעיות.
עתירת ממצאים במיוחד היתה מערה 4: נמצאו בה 15,000 קטעי מגילות בקירוב, ששרדו מתוך 600 חיבורים שונים לכל הפחות. האחרונה במערות, שבה נמצאו שרידי מגילות – מערה 11 – אותרה בשנת 1956; נחשפו בה יצירות ארוכות, בהן מגילת תהלים, תרגום לארמית של ספר איוב ומגילת המקדש, הארוכה במגילות מאזור חורבת קומרן (9.5 מטרים בקירוב).

שימור המגילות. המגילות כתובות הן על קלף הן על פפירוס. לצד מספר מצומצם של מגילות גדולות נמצאו אלפים רבים של קטעי מגילות שהורכבו לכדי 1200 לוחות בקירוב: כ-900 לוחות של קטעי קלף וכ-300 לוחות של קטעי פפירוס. גלגולים רבים עברו המגילות מאז שנתגלו לראשונה בידי הרועה הבדואי ועד להקמת מעבדת שימור המגילות של רשות העתיקות בשנת 1991. העבודה במעבדה מלווה במחקר ובייעוץ מקצועי, והיא מסתייעת בידע ובניסיון שנרכש במעבדות השימור ברחבי העולם. מלאכת השימור עדיין בעיצומה, ובמהלכה מטופלים כתבי-היד בטכניקות שימור חדשניות.