המחקר הארכיאולוגי באזור זה החל כבר במחצית השנייה של המאה הי"ט, על-ידי ש' קלרמון-גנו, שעמד על קיומו של שדה קבורה במקום. בשנות השלושים חפר במקום ד. ברמקי, והוא גילה 68 קברי ארגז מלבניים המצטרפים למערות הקבורה ולקברי הארגז שסקר קלרמון-גנו. כל הקברים תוארכו לתקופות הרומית והביזאנטית (המאות הג' – הה' לסה"נ). באחד הקברים נתגלה סרקופג מעוטר בזרים ובדגמים גיאומטריים. חפירות נוספות נערכו בשטח המוזיאון גם לאחר חנוכתו. במהלכם נתגלו קברים נוספים מהתקופות הרומית והביזאנטית, וכן חרסים קדומים יותר ללא הקשר אדריכלי.